| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1278212 = | 183 (0.960) | 23 (0.140) | 11/140 | NT | 13.9% | intergenic (+237/‑136) | frr/uppS | Ribosome‑recycling factor/Isoprenyl transferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1278244 = | 124 (0.750) | intergenic (+269/‑104) | frr/uppS | Ribosome‑recycling factor/Isoprenyl transferase | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
ATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAG > USA300TCH1516_ALE/1278122‑1278301 | gcctgatcatctctgtcatatagtataagttactaaacaatcattatcattttatcatactcatttaatgcattgaataagcaaataaaaa < 2:2854714‑M1/1‑1 (MQ=255) cctgatcatctctgtcatatagtataagttactaaacaatcattatcattttatcatactcatttaatgcattgaataagcaaataaaaaa < 1:259345‑M1/2‑1 (MQ=255) ctgatcatctctgtcatatagtataagttactaaacaatcattatcattttatcatactcatttaatgcattgaataagcaaataaaaaaa < 1:2264066‑M1/3‑1 (MQ=255) ataCTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTaaa > 2:3653341/1‑91 (MQ=255) taCTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAAc < 2:2213769/91‑1 (MQ=255) gatcatctctgtcatatagtataagttactaaacaatcattatcattttatcatactcatttaatgcattgaataagcaaataaaaAAACt < 2:1407061‑M1/5‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |