| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1278212 = | 183 (0.960) | 23 (0.140) | 11/140 | NT | 13.9% | intergenic (+237/‑136) | frr/uppS | Ribosome‑recycling factor/Isoprenyl transferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1278244 = | 124 (0.750) | intergenic (+269/‑104) | frr/uppS | Ribosome‑recycling factor/Isoprenyl transferase | |||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAGGCT > USA300TCH1516_ALE/1278154‑1278334 | ctaaataatcattatcattttatcacactcatttaatgctttgaataagcaaacaaaaAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGtttt > 1:3609634‑M1/59‑91 (MQ=255) tGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGttttt < 2:2766127/91‑1 (MQ=255) gCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGtttttt > 2:3334932/1‑91 (MQ=255) cTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGttttttt > 2:580156/1‑91 (MQ=255) aaacaatcattatcattttatcatactcatttaatgcattgaataagcaaataaaaaaactgtaccgagtcagactttggtacagtttttt < 1:67257‑M2/3‑1 (MQ=255) aaacaatcattatcattttatcatactcatttaatgcattgaataagcaaataaaaaaactgtaccgagtcagactttggtacagtttttt < 1:67197‑M2/3‑1 (MQ=255) ataataAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTAt < 1:1020628/91‑1 (MQ=255) ataataAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTAt > 1:149358/1‑91 (MQ=255) taataaAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTAtt < 2:37882/91‑1 (MQ=255) ataaAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTg > 1:2368831/1‑91 (MQ=255) taaAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGc < 1:357615/91‑1 (MQ=255) aaaGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCt < 2:774025/91‑1 (MQ=255) aGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTa > 1:2869556/1‑91 (MQ=255) gTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTAt > 2:847266/1‑91 (MQ=255) ttATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTAtt < 1:2368444/91‑1 (MQ=255) ttATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTAtt > 2:3151533/1‑91 (MQ=255) tATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTc > 2:358814/1‑91 (MQ=255) tATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTc < 2:924882/91‑1 (MQ=255) tATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTAACGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTc > 1:1573483/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCaa > 2:1383273/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCaa > 1:2537154/1‑91 (MQ=255) gTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAAt < 2:1205909/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATg > 1:310386/1‑91 (MQ=255) tAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATg < 1:837671/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATg > 1:2621068/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAACCTCAGTATGTATGTCGCATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGc < 1:3627188/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGc < 1:2234827/91‑1 (MQ=255) tttttAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCAt < 1:3345541/91‑1 (MQ=255) ttttAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCAtt < 2:2841919/91‑1 (MQ=255) tttAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTa > 1:36595/1‑91 (MQ=255) aCCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATg > 2:1784453/1‑91 (MQ=255) aCCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATg > 1:3713367/1‑91 (MQ=255) ccTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGa > 1:521832/1‑91 (MQ=255) ccTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGa > 2:597208/1‑91 (MQ=255) ccTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGa > 1:1080014/1‑91 (MQ=255) cTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTCATTTTCTTTTTCATTGCTTTACATGAg > 2:3244191/1‑91 (MQ=255) cAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTa > 1:1872130/1‑91 (MQ=255) cAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTa < 2:3433867/91‑1 (MQ=255) cAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTa > 1:2691091/1‑91 (MQ=255) aGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTAt < 1:2048002/91‑1 (MQ=255) gtatgtatGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATg < 2:2496691/91‑1 (MQ=255) ttgtatgtCACGTTTCTGATGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTAGTGTATTCAATGCATTAAATGAGTATggt < 2:243106/90‑3 (MQ=255) tgtatgtCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTTTTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATa > 2:3855032/1‑91 (MQ=255) tatgtCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATaaa > 1:281796/1‑91 (MQ=255) tgtCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaat > 1:2092634/1‑91 (MQ=255) taagcaagtaaaaAAACTGTACCAATGTCTGACTC‑GGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgata > 1:295737‑M1/14‑91 (MQ=255) acaTTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgata < 1:2345343/91‑1 (MQ=255) acaTTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgata < 2:2214143/91‑1 (MQ=255) acaTTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgata < 1:2018973/91‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgataat > 2:430424/1‑91 (MQ=255) ttCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgataatga > 1:1590638/1‑91 (MQ=255) tCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTTTGATAAaatgataatgtt > 2:515266/1‑89 (MQ=255) tCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAaatgataatgat > 2:2385337/1‑91 (MQ=255) cTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGAtt < 2:201442/91‑1 (MQ=255) cTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGAtt > 2:1915865/1‑91 (MQ=255) cTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGAtt > 1:547604/1‑91 (MQ=255) tGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTg > 1:1917197/1‑91 (MQ=255) gtgtAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGtt > 1:92165/1‑91 (MQ=255) gtgtAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGtt > 1:1673201/1‑91 (MQ=255) gtgtAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGtt < 2:1593554/91‑1 (MQ=255) aaAAACTGTACCAAAGTCTGACTC‑GGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTa < 1:2956046‑M1/89‑1 (MQ=255) tAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAg < 2:2703447/91‑1 (MQ=255) 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tttTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAg < 1:2264066‑M2/88‑1 (MQ=255) ttTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAgg < 1:259345‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAGGc < 2:2854714‑M2/90‑1 (MQ=255) ttttATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAGGCt < 2:310386/91‑1 (MQ=255) ttttATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAGGCt < 2:2621068/91‑1 (MQ=255) ttttATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAAGGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAGGCt < 2:3416059/91‑1 (MQ=255) | TTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGA‑GTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAAATGATAATGATTGTTTAGTAACTTATACTATATGACAGAGATGATCAGGCT > USA300TCH1516_ALE/1278154‑1278334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |