| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1341822 = | 270 (1.420) | 17 (0.100) | 9/148 | NT | 7.0% | intergenic (+230/‑282) | USA300HOU_RS06615/USA300TCH1516_01244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1341877 = | 202 (1.150) | intergenic (+285/‑227) | USA300HOU_RS06615/USA300TCH1516_01244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAA > USA300TCH1516_ALE/1341732‑1341911 | tttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGa < 1:2557560/91‑1 (MQ=255)tttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGa < 1:146644/91‑1 (MQ=255)tacatttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaa < 2:299317‑M1/1‑1 (MQ=255) ttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGaa > 2:3661892/1‑91 (MQ=255) acatttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaaa < 1:387867‑M1/2‑1 (MQ=255) tAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGaaa < 2:3488681/91‑1 (MQ=255) tAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGaaa < 1:3001189/91‑1 (MQ=255) catttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaaaa > 2:234186‑M1/89‑91 (MQ=255) atttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAAt > 2:1747518‑M1/88‑91 (MQ=255) atttgagcttttttatttccttcactcgcaccttcttaaacttatatgtccattatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAAt > 2:3693778‑M1/88‑91 (MQ=255) aTTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCt < 1:409407/91‑1 (MQ=255) aTTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCt < 1:2269681/91‑1 (MQ=255) tATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTccc < 1:3631563/91‑1 (MQ=255) aTTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCt > 1:3341582/1‑91 (MQ=255) ttGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCtt < 2:289406/91‑1 (MQ=255) gCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCa > 2:1243888/1‑91 (MQ=255) gCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCa > 1:1165992/1‑91 (MQ=255) aCGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCaaa < 2:223505/91‑1 (MQ=255) cGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAg < 2:1437561/91‑1 (MQ=255) gAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGt > 2:2852772/1‑91 (MQ=255) gAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGt < 2:228977/91‑1 (MQ=255) gAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGt < 1:2605830/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGtt < 2:2529083/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGtt < 2:3241810/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGtt < 1:1684725/91‑1 (MQ=255) aaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATGAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAATAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGttt < 1:1508705/91‑1 (MQ=255) aaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGttt < 2:2578881/91‑1 (MQ=255) aaTTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGttt > 2:1333439/1‑91 (MQ=255) aGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt > 2:72704/1‑91 (MQ=255) aGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt > 1:2824808/1‑91 (MQ=255) gCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtt > 1:3421500/1‑91 (MQ=255) cATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAttt > 1:2142046/1‑91 (MQ=255) aTCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt < 2:3025867/91‑1 (MQ=255) aTCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt < 2:1821020/91‑1 (MQ=255) cGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttttt < 1:3207567/91‑1 (MQ=255) aTAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCaa < 2:456257/91‑1 (MQ=255) tAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAAt < 1:1717412/91‑1 (MQ=255) tAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAAt < 2:539473/91‑1 (MQ=255) tAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAAt < 1:621046/91‑1 (MQ=255) tAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAAt > 1:867447/1‑91 (MQ=255) tAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAAt < 1:745852/91‑1 (MQ=255) aGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGt > 1:1006894/1‑91 (MQ=255) aGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGt < 2:2447930/91‑1 (MQ=255) ggAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCaa > 1:3104935/1‑69 (MQ=255) aaaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACt < 1:303393/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACt > 1:1875215/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACt < 1:1757461/91‑1 (MQ=255) tAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCg < 1:1102739/91‑1 (MQ=255) aGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGaa > 2:379393/1‑91 (MQ=255) gtgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAg < 1:1410164/91‑1 (MQ=255) tgtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgg > 1:313795/1‑91 (MQ=255) gtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggg > 2:3157814/1‑91 (MQ=255) gtTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggg < 2:3335323/91‑1 (MQ=255) ttAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg < 1:3697479/91‑1 (MQ=255) ttAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg > 2:2047048/1‑91 (MQ=255) atgttcattatacaaatataaaaagctataacaatttaatggAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAgggg > 2:3408738‑M1/43‑91 (MQ=255) tAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggggg < 1:2375443/91‑1 (MQ=255) aaGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGc < 2:2616395/91‑1 (MQ=255) aGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCa > 2:769107/1‑91 (MQ=255) gTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAt < 1:1980456/91‑1 (MQ=255) ttttAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAtt < 2:1180001/91‑1 (MQ=255) ttttAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAtt > 2:2133059/1‑91 (MQ=255) tatacaaatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTc > 1:977929‑M1/35‑91 (MQ=255) tAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTc > 2:1364174/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCa < 1:2034191/91‑1 (MQ=255) aaaTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCa > 1:2698344/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCa < 1:554295/91‑1 (MQ=255) aaTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCAt < 2:1470655/91‑1 (MQ=255) aTGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCAtt < 2:360156/91‑1 (MQ=255) aatataaaaagctataacaatttaatgaAAATGCTCACTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTaaa > 2:3830416‑M1/29‑91 (MQ=255) aaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt > 2:1660572/1‑91 (MQ=255) aaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt < 2:3459119/91‑1 (MQ=255) aaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGtt > 1:1952640/1‑91 (MQ=255) aGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTc > 1:2782854/1‑78 (MQ=255) aGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTc < 2:2782854/78‑1 (MQ=255) aGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTtat > 1:3759625/1‑91 (MQ=255) tGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCt > 1:2498132/1‑91 (MQ=255) ggAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCtt < 2:2462851/91‑1 (MQ=255) gAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCttt > 2:2715920/1‑91 (MQ=255) gAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCttt > 1:1838482/1‑91 (MQ=255) gAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCttt > 2:2189516/1‑91 (MQ=255) gAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCttt > 2:659932/1‑91 (MQ=255) aaTGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCtttt < 1:2911317/91‑1 (MQ=255) tGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTta > 2:8571/1‑91 (MQ=255) gATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTtata > 2:1560282/1‑91 (MQ=255) aTCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTatat > 1:92824/1‑91 (MQ=255) aTCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTatat < 2:523272/91‑1 (MQ=255) aTCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTatat < 2:1288968/91‑1 (MQ=255) tCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATAtt < 2:1070581/91‑1 (MQ=255) tCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATAtt < 1:2631092/91‑1 (MQ=255) cGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATAttt > 1:355028/1‑91 (MQ=255) gTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTg > 2:356850/1‑91 (MQ=255) gTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTg > 1:480119/1‑91 (MQ=255) gTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTg < 2:2092632/91‑1 (MQ=255) tCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTTTTTTTTTATTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGt > 2:1943839/1‑91 (MQ=25) tCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGt < 1:1341425/91‑1 (MQ=255) cTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGta < 1:2678567/91‑1 (MQ=255) ttGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGtat < 1:3661892/91‑1 (MQ=255) gAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATaa < 2:1975147/91‑1 (MQ=255) gAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATaa < 1:137540/91‑1 (MQ=255) | TTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAA > USA300TCH1516_ALE/1341732‑1341911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |