| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1442468 | 193 (1.010) | 14 (0.080) | 9/148 | NT | 7.2% | coding (838/1137 nt) | USA300HOU_RS07165 | TelA‑like protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1442491 | 182 (1.030) | coding (861/1137 nt) | USA300HOU_RS07165 | TelA‑like protein | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GCACTTGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCGATTG > USA300TCH1516_ALE/1442378‑1442558 | gCACTTGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGC > 2:220228‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTa > 1:1036400/1‑91 (MQ=255) ttGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTaa > 1:1174580/1‑91 (MQ=255) ttGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATCGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTaa < 2:3817675/91‑1 (MQ=255) tGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAAt < 2:2249283/91‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTGTGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATg > 2:1667069/1‑91 (MQ=255) gCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATg < 2:2355058/91‑1 (MQ=255) ccGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGc > 1:2833483/1‑91 (MQ=255) cGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCa < 1:3536835/91‑1 (MQ=255) cGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCa > 1:2171920/1‑91 (MQ=255) gagaAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAg > 2:1235576/1‑91 (MQ=255) gaagaTACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAgca < 1:2608693/91‑3 (MQ=255) gaagaTACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGtt < 2:2625233/91‑1 (MQ=255) aTACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCtcgttgtgcagcaac < 2:714978‑M1/91‑16 (MQ=255) aTACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTtgctg < 1:3338466/91‑1 (MQ=255) aTACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTtgctg > 1:2512767/1‑91 (MQ=255) aCAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGTAGTTGCTGca > 2:1709722/1‑91 (MQ=255) cAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGcac > 2:832889/1‑91 (MQ=255) aaaGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGcaca < 1:701820/91‑1 (MQ=255) aGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACaat > 2:777321/1‑90 (MQ=255) ttCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGa < 2:2310992/91‑1 (MQ=255) cAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgc > 1:2272146‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgct < 2:2275627‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctg < 1:3835703‑M2/91‑5 (MQ=255) aTTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctg > 2:2701660‑M2/1‑87 (MQ=255) aTTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctg > 1:816195‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGAGAGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgt < 2:2958960‑M1/91‑29 (MQ=255) ttttGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctgt < 1:2596213‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctgt < 1:1201344‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctgt < 2:1784128‑M2/91‑6 (MQ=255) ttGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCa < 2:1016140/91‑1 (MQ=255) tGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctgt < 2:205167‑M2/88‑6 (MQ=255) tGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCAc < 2:2694820/91‑1 (MQ=255) gACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACt > 2:3239797/1‑91 (MQ=255) cAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcatt < 1:1759142‑M1/91‑35 (MQ=255) cAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcatt < 1:3456267‑M1/91‑35 (MQ=255) aGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATa > 2:570565/1‑91 (MQ=255) gTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctgtctcattaat < 2:1253216‑M2/91‑15 (MQ=255) gTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATAc > 2:3299366/1‑91 (MQ=255) tATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACa < 2:645520/91‑1 (MQ=255) tATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACa < 2:921865/91‑1 (MQ=255) ttCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAAc < 1:548199/91‑1 (MQ=255) tCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCCTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACt > 2:3808803/1‑91 (MQ=255) ccACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTa < 2:3164114/91‑1 (MQ=255) ccACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTa > 1:3044821/1‑91 (MQ=255) cACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTaa > 1:1420511/1‑91 (MQ=255) cACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTaa < 1:685655/91‑1 (MQ=255) aCTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAAt > 2:590129/1‑91 (MQ=255) cTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATg > 2:3867367/1‑91 (MQ=255) tATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGa < 1:3719795/91‑1 (MQ=255) tATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGa > 2:2892470/1‑91 (MQ=255) tATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGa > 2:3028696/1‑91 (MQ=255) aTGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGAt < 2:2784603/91‑1 (MQ=255) aaaaTCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATttatt > 1:104469/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATttatt > 1:3851620/1‑91 (MQ=255) aTCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACTACTAATGATTTATTAAc > 2:3628961/1‑91 (MQ=255) aTGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaa > 2:3340338/1‑91 (MQ=255) aTGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaa < 1:477280/91‑1 (MQ=255) tGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaaa < 1:3428718/91‑1 (MQ=255) tGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaaa > 1:1587330/1‑91 (MQ=255) tGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaaa > 1:3541511/1‑91 (MQ=255) tGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaaa < 1:1322918/91‑1 (MQ=255) tGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCaaa > 2:1322918/1‑91 (MQ=255) gCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATg < 1:1694911/91‑1 (MQ=255) ccATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGc < 2:2597437/91‑1 (MQ=255) ccATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGc > 2:324920/1‑91 (MQ=255) aTTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTg < 1:2122304/91‑1 (MQ=255) aTTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTg < 1:2774610/91‑1 (MQ=255) aTTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTg > 1:2452228/1‑91 (MQ=255) ttGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGa > 1:1826763/1‑91 (MQ=255) tGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGaa < 2:1108674/91‑1 (MQ=255) gcgcTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGaaa > 2:2478835/1‑91 (MQ=255) cTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGt < 1:1977978/91‑1 (MQ=255) cTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGt > 2:3086915/1‑91 (MQ=255) aCATTCATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATTCTGAAATGTTGa < 2:3576074/91‑1 (MQ=255) ttAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAAc > 2:1490471/1‑91 (MQ=255) aaTGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACaa < 2:511813/91‑1 (MQ=255) aTGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACaaa < 1:311795/91‑1 (MQ=255) 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aCAGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtca > 1:205167‑M1/1‑5 (MQ=255) aCAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCg > 1:560233/1‑91 (MQ=255) cAGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaat < 1:1158680‑M1/91‑88 (MQ=255) cAGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaat < 1:3706886‑M1/91‑88 (MQ=255) cAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCGa > 2:3432309/1‑91 (MQ=255) cAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCGa > 1:1206979/1‑91 (MQ=255) cAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCGa < 1:91212/91‑1 (MQ=255) aGCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaatt > 2:2174194‑M1/1‑3 (MQ=255) aGCtcgtagtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaatcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaatt < 1:1939948‑M1/91‑89 (MQ=255) aGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaatt < 1:1502234‑M2/91‑66 (MQ=255) aGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCGAt < 1:2333499/91‑1 (MQ=255) gCtcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaattg > 2:256393‑M1/1‑2 (MQ=255) gCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGCAATGTTGACACAAAATGCGAtt > 2:3132095/1‑91 (MQ=255) ctcgttgtgcagcaactgcattacgctgtctcattaatgtaagcgcaatggccatttgatttttccatagtggaatacttgtcaaaattga < 1:3390169‑M1/91‑91 (MQ=255) | GCACTTGCCGAGAAGATACAAAGTTCAATTTTGACAAGTATTCCACTATGGAAAAATCAAATGGCCATTGCGCTTACATTAATGAGACAGCGTAATGCAGTTGCTGCACAACGAGCTGTCACTGATACAACTAATGATTTATTAACAGCAAATGCTGAAATGTTGAAACAAAATGCGATTG > USA300TCH1516_ALE/1442378‑1442558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |