| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494261 | 146 (0.770) | 18 (0.100) | 11/150 | NT | 12.0% | coding (7763/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494291 | 128 (0.720) | coding (7733/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
ACAGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1494171‑1494351 | acaGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTT < 1:50659‑M1/91‑1 (MQ=255) caGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTCTTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGATTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtg > 2:3598734/1‑91 (MQ=255) aGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgt < 2:1903413/91‑1 (MQ=255) gAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgtg > 1:1308555/1‑91 (MQ=255) gAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgtg < 2:1684995/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgctg > 2:1074580/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgctg < 2:1942378/91‑1 (MQ=255) ttGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCa > 1:3525880/1‑91 (MQ=255) ttGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCa < 2:3495466/91‑1 (MQ=255) tGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTGTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTCGTTTGTGCTGCAc > 1:3875154/1‑91 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg < 1:1337785/91‑1 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg > 2:2924829/1‑91 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg < 2:3167731/91‑1 (MQ=255) tAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAACTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGa > 1:3114656/1‑91 (MQ=255) aaGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGaa > 2:2522208/1‑91 (MQ=255) aaGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGaa < 2:3253352/91‑1 (MQ=255) aaGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGaa > 1:182936/1‑91 (MQ=255) aGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAAc > 2:1372855/1‑91 (MQ=255) tATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACttt < 1:3509551/91‑1 (MQ=255) tATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACttt > 2:591656/1‑91 (MQ=255) tATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACttt < 1:2728975/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 1:708324/91‑4 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 1:2185807/91‑4 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 1:3586489/91‑4 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 1:96944/91‑4 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 1:1820359/91‑4 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaag < 1:1070982/91‑5 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaag < 1:2892248/91‑5 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaag < 2:2286655/91‑5 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttag < 2:2254682/91‑1 (MQ=255) ttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTgtgacgcactaactaaagt < 1:2072524‑M1/91‑20 (MQ=255) tttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagtt < 1:3048745/91‑1 (MQ=255) ttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagtta < 2:2046861/91‑1 (MQ=255) tAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcg < 1:1231961‑M1/91‑23 (MQ=255) tAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagttag > 2:3475875/1‑91 (MQ=255) tAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagttag > 1:932532/1‑91 (MQ=255) aGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTtagttagt > 2:675092/1‑91 (MQ=255) gACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTg > 1:2252614/1‑91 (MQ=255) aCGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGc < 2:3046575/91‑1 (MQ=255) gTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcag < 2:884729‑M1/91‑28 (MQ=255) ttACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagc < 2:776424‑M1/91‑29 (MQ=255) ttACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTc < 1:991756/91‑1 (MQ=255) ttACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTc < 1:1126473/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:3372428/91‑1 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAGGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaa < 2:1413791‑M1/91‑33 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaa < 2:371394‑M1/91‑33 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa < 2:2835795‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa > 1:3839951‑M2/1‑88 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACtt > 1:1468897/1‑91 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACtt > 2:1288459/1‑91 (MQ=255) ggCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgtg > 1:654273/1‑57 (MQ=255) ggCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttg < 1:1353096/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 1:34682/1‑91 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagatt < 2:240320‑M1/91‑42 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:3630638/1‑91 (MQ=255) atCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtggt < 1:116905/91‑1 (MQ=255) atCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtggt < 2:473610/91‑1 (MQ=255) tcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaag < 2:287767‑M1/91‑49 (MQ=255) cttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGc > 1:622702/1‑91 (MQ=255) ttATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCAc < 2:3714398/91‑1 (MQ=255) ttATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCAc > 1:3705192/1‑91 (MQ=255) tATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACg < 2:267157/91‑1 (MQ=255) 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tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 2:172094/1‑91 (MQ=255) gCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCa > 1:1515612/1‑91 (MQ=255) cTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCAc < 1:1862180/91‑1 (MQ=255) tAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttg > 1:1931470/1‑91 (MQ=255) tAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttg < 2:2094407/91‑1 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 2:1352737/91‑1 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 1:3148404/91‑1 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 2:1446959/91‑1 (MQ=255) 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tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatccagctaaagcattacctcaaaataaagaagataatag < 2:3831974‑M2/91‑53 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTCCTGt > 1:3234595/1‑91 (MQ=255) cTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtt > 1:763057/1‑91 (MQ=255) cTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtt > 1:2986775/1‑91 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatcgcc < 1:3007433‑M2/91‑55 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagcc < 2:3507618‑M2/91‑55 (MQ=255) tAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGtttt < 1:2682760/91‑1 (MQ=255) aGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaa > 1:2145588‑M1/1‑5 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaa < 2:1736632‑M2/91‑57 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTc > 1:2649151/1‑91 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTc > 1:3286729/1‑91 (MQ=255) gTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaat > 1:1419933‑M1/1‑4 (MQ=255) tctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag < 1:1719719‑M1/91‑91 (MQ=255) tctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag > 2:1719719‑M1/1‑1 (MQ=255) | ACAGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1494171‑1494351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |