| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494261 | 146 (0.770) | 18 (0.100) | 11/150 | NT | 12.0% | coding (7763/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494291 | 128 (0.720) | coding (7733/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTATGCATTG > USA300TCH1516_ALE/1494201‑1494381 | aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 2:3691176/91‑1 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa > 1:3839951‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaa < 2:2081268‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac > 1:1419933‑M2/1‑87 (MQ=255) ttGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaact > 1:2145588‑M2/1‑86 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACtt > 2:1288459/1‑91 (MQ=255) ggCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttg < 1:1353096/91‑1 (MQ=255) gCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgt < 2:1560847/91‑1 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:3630638/1‑91 (MQ=255) cttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGgtgt > 2:1692144/1‑91 (MQ=255) cttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGgtgt < 1:3525218/91‑1 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt > 2:386791/1‑91 (MQ=255) cttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGTGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGc < 1:1074580/91‑1 (MQ=255) cttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGc > 1:622702/1‑91 (MQ=255) ttATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCAc > 1:3705156/1‑91 (MQ=255) ttATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCAc < 2:3714398/91‑1 (MQ=255) tATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACg < 2:2648623/91‑1 (MQ=255) aTTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGc < 1:604166/91‑1 (MQ=255) ttttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCt > 2:2276619/1‑91 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:2953885/91‑1 (MQ=255) ttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCa < 2:586224/91‑1 (MQ=255) tGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCat > 1:3190503/1‑91 (MQ=255) gAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCatt < 1:3798878/91‑1 (MQ=255) gAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCatt > 2:841824/1‑91 (MQ=255) atttAATGCTTTAGCTTGATCTATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTTTGAAACTTTTTGTTGTGTTGCCCGCTCattt > 2:2473671/4‑90 (MQ=255) aGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCattat > 1:2566529/1‑91 (MQ=255) gTAATGCTTTATCTTGAGCAATCGTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCATAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCattatt < 2:2965322/91‑1 (MQ=255) gTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCattatt < 2:265117/91‑1 (MQ=255) tAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAGACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCAttatta > 1:3752185/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 2:3327492/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 2:2423595/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 2:1915875/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa > 2:892466/1‑91 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGTTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt > 1:1820881/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc < 2:3402335/91‑1 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc < 2:3525880/91‑1 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 2:172094/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc < 2:1306646/91‑1 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc < 2:1308944/91‑1 (MQ=255) cTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCAc < 1:1862180/91‑1 (MQ=255) cTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCAc > 1:3134556/1‑91 (MQ=255) tttAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACt > 1:967451/1‑91 (MQ=255) tAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttg > 1:1931470/1‑91 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt > 2:1360487/1‑91 (MQ=255) aGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgt < 2:1446959/91‑1 (MQ=255) cTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaaga < 2:287767‑M2/91‑44 (MQ=255) cTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgttg > 1:1731694/1‑91 (MQ=255) cTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACttgttg > 2:422023/1‑91 (MQ=255) gATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGc < 1:2700415/91‑1 (MQ=255) gATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGGTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGc < 1:3443384/91‑1 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt < 1:3475875/91‑1 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt < 1:2350268/91‑1 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt < 1:2350329/91‑1 (MQ=255) aaTCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataat < 2:240320‑M2/91‑51 (MQ=255) aTCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAATTCGTCAGAAACTTGTTGTGGAGTTGCACGCAAATTATTAATCACTTGTTTAGCTTCTg > 2:237209/1‑91 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatccagctaaagcattacctcaaaataaagaagataatag < 2:3831974‑M2/91‑53 (MQ=255) tCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTCCTGt > 1:3234595/1‑91 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatcgcc < 1:3007433‑M2/91‑55 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagcc < 2:3507618‑M2/91‑55 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGttt < 1:1484516/91‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGttt < 1:1135071/91‑1 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTc > 1:1350549/1‑91 (MQ=255) aGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTc > 1:3286729/1‑91 (MQ=255) gTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCg < 2:1760958/91‑1 (MQ=255) tttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGc > 1:2122550/1‑91 (MQ=255) ttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatta < 2:371394‑M2/91‑60 (MQ=255) ttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCa < 1:2185940/91‑1 (MQ=255) gtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattagt < 1:3043652‑M2/91‑62 (MQ=255) tgctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTa > 2:1689440/1‑91 (MQ=255) tgctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTa < 2:1624396/91‑1 (MQ=255) tgctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTa < 1:2522208/91‑1 (MQ=255) gctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattagtaa < 2:776424‑M2/91‑64 (MQ=255) gctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTAt < 1:373308/91‑1 (MQ=255) gctgcACGAACTTTAGTTAGTGCAGCACaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattagtaa < 1:746244‑M2/91‑64 (MQ=255) ctgcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattagtaac < 2:884729‑M2/91‑65 (MQ=255) gcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGa < 2:1904123/91‑1 (MQ=255) gcACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGa > 1:3171166/1‑91 (MQ=255) aCGATCTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGAtt < 2:406254/91‑1 (MQ=255) 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tagttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATttgttgttg > 2:1101526/1‑91 (MQ=255) ttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTgcgc > 1:2657367/1‑91 (MQ=255) ttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTgcgc > 1:2976224/1‑91 (MQ=255) ttagtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTgcgc > 1:2657710/1‑91 (MQ=255) gtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTTCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCAtt > 2:2209297/1‑91 (MQ=255) gtGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCAtt < 2:979187/91‑1 (MQ=255) gCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAt < 1:2031773/91‑1 (MQ=255) cGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTAtg < 2:1546035/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |