| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1533866 = | 159 (0.830) | 35 (0.210) | 15/138 | NT | 21.4% | coding (219/588 nt) | USA300HOU_RS07480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1533900 = | 120 (0.730) | coding (185/588 nt) | USA300HOU_RS07480 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
AATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTC > USA300TCH1516_ALE/1533776‑1533956 | ttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaa > 1:1516103‑M1/91‑91 (MQ=255)aaTTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattga > 2:1358153/1‑91 (MQ=255) tttGAATATCAAAAGCACAGTTATGGGTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaat < 2:3361756/91‑1 (MQ=255) tttGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaat > 2:3013993/1‑91 (MQ=255) tttGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaat < 1:3723723/91‑1 (MQ=255) gggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgaaaaaacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAAt > 2:239978‑M1/89‑91 (MQ=255) tGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaattg < 2:2200418/91‑1 (MQ=255) tGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaattg < 2:3050453/91‑1 (MQ=255) tgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGc > 2:1293790‑M1/86‑91 (MQ=255) tgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGc < 2:426980‑M1/6‑1 (MQ=255) gAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGc < 1:1677598/91‑1 (MQ=255) gcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCa < 1:2545588‑M1/7‑1 (MQ=255) cAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGc > 1:2771482/1‑91 (MQ=255) aaaaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCg > 2:2653225/1‑91 (MQ=255) aaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTg < 1:464527/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTg < 1:463960/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTCTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTg > 1:3354135/1‑91 (MQ=255) gCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGAc > 2:402066/1‑91 (MQ=255) gCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGAc < 2:3655202/91‑1 (MQ=255) cacaGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACt < 1:975618/91‑1 (MQ=255) acaGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACtt < 1:1393774/91‑1 (MQ=255) aaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACtt > 2:239063‑M1/73‑91 (MQ=255) caGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTc < 1:2882037/91‑1 (MQ=255) aaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTc > 1:1991772‑M1/72‑91 (MQ=255) aaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTc > 2:1668259‑M1/72‑91 (MQ=255) aagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTcc > 2:1469538‑M1/71‑91 (MQ=255) aGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTcc > 1:2986281/1‑91 (MQ=255) agtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatagaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTccc > 2:3414413‑M1/70‑91 (MQ=255) agtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTccc > 1:2270857‑M1/70‑91 (MQ=255) agtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTccc > 1:1763586‑M1/70‑91 (MQ=255) agtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTccc > 2:3236791‑M1/70‑91 (MQ=255) agtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTccc > 2:3324582‑M1/70‑91 (MQ=255) gtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcagcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCa > 1:3267718‑M1/69‑91 (MQ=255) tgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCAc > 1:945479‑M1/68‑91 (MQ=255) tgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCAc > 2:846095‑M1/68‑91 (MQ=255) tgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCAc > 2:330803‑M1/68‑91 (MQ=255) gaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACt > 2:3208255‑M1/67‑91 (MQ=255) tGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACtt > 1:31346/1‑91 (MQ=255) gATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTc < 2:3181002/91‑1 (MQ=255) aTTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCt > 1:2832949/1‑91 (MQ=255) ttAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTg > 2:773919/1‑91 (MQ=255) ttAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTCATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTg > 1:1540288/1‑91 (MQ=255) gaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTg > 1:2097902‑M1/63‑91 (MQ=255) aGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCa > 1:3597818/1‑91 (MQ=255) gCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCaa > 1:3555535/1‑91 (MQ=255) gATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAAtt < 2:1095760/91‑1 (MQ=255) atatAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGaa < 1:243798/66‑1 (MQ=255) tataATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTc < 1:1867993/91‑1 (MQ=255) tataATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTACAATTTc > 2:3448795/1‑91 (MQ=255) ataATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCt > 1:1253526/1‑91 (MQ=255) ataATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCt < 2:714665/91‑1 (MQ=255) aTCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAAt > 1:556785/1‑91 (MQ=255) tCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATg > 1:3682020/1‑91 (MQ=255) cAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGt > 1:755521/1‑91 (MQ=255) cAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGt > 2:1796004/1‑91 (MQ=255) cAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGt > 1:3473971/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGtt > 2:2361697/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGtt < 2:692222/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGttt > 2:2026597/1‑91 (MQ=255) tttCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCatg > 1:1008505/1‑91 (MQ=255) ttCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCatga > 2:1176423/1‑91 (MQ=255) tCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCatgat > 1:718913/1‑91 (MQ=255) tCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCatgat < 1:3191015/91‑1 (MQ=255) tCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCatgat > 1:2035251/1‑91 (MQ=255) cATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCatgatg < 1:1906753/91‑1 (MQ=255) aTTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATCGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCAtgatga < 2:950295/91‑1 (MQ=255) tttGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATgatgat < 2:2418781/91‑1 (MQ=255) ttGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGAtt > 2:577124/1‑91 (MQ=255) tATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAt < 1:2029743/91‑1 (MQ=255) tATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAt < 2:3155301/91‑1 (MQ=255) aTTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAtt < 2:1886371/91‑1 (MQ=255) aTTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAtt > 2:2349731/1‑91 (MQ=255) ttAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGt < 1:3584894/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTAt < 2:3465956/91‑1 (MQ=255) aCTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATc > 2:3621087/1‑91 (MQ=255) cTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCt < 2:296208/91‑1 (MQ=255) tttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTa < 2:2799974/91‑1 (MQ=255) tttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTa < 1:823152/91‑1 (MQ=255) ttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTAc < 1:1693601/91‑1 (MQ=255) ttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTAc > 1:2411701/1‑91 (MQ=255) ttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTAc < 1:2261901/91‑1 (MQ=255) tataTTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATCTTTGTATCTACa > 2:3225155/1‑91 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACaa > 2:3771917/1‑91 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACaa > 2:3816885/1‑91 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACaa > 1:1113196/1‑91 (MQ=255) tcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGTGGGAAGTCACGCTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGAGGATTAATTTTTGTATCTACaaaa < 1:21837‑M1/73‑1 (MQ=255) aCGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAaatga > 1:897898/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAaatgaa > 2:2059018/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTAGATACaaaaatta < 1:2407101/91‑5 (MQ=255) tAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGtt < 1:3870351/91‑1 (MQ=255) tAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGtt < 2:2494620/91‑1 (MQ=255) aaacattagaAATTGCAGAAGTGGGAAGTCACGCTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGtt < 2:316924‑M1/81‑1 (MQ=255) tAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGc < 1:3217335/91‑1 (MQ=255) tAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGc < 2:2074175/91‑1 (MQ=255) cattagaAATTGCAGAAGTGGGAAGTCACGCTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGc < 1:1561870‑M1/84‑1 (MQ=255) attagaAATTGCAGAAGTGGGAAGTCACGCTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGcc < 1:3030898‑M1/85‑1 (MQ=255) aattgaattgCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCa > 1:2617824/1‑91 (MQ=255) attgaattgCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCaa > 1:26496/1‑91 (MQ=255) attgaattgCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATATTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCaa > 1:365084/1‑91 (MQ=255) tgaattgCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTACTTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAAtt > 2:1492221/1‑91 (MQ=255) | AATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTC > USA300TCH1516_ALE/1533776‑1533956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |