| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1539773 | 162 (0.850) | 10 (0.060) | 8/148 | NT | 5.8% | coding (373/450 nt) | ndk | Nucleoside diphosphate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1539799 | 177 (1.010) | coding (347/450 nt) | ndk | Nucleoside diphosphate kinase | |||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TACAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAGCTTC > USA300TCH1516_ALE/1539683‑1539863 | tACAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTTAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACG < 2:3419282‑M1/91‑1 (MQ=255)tACAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACG < 2:3743374‑M1/91‑1 (MQ=255) aCAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGt < 2:1285318/91‑1 (MQ=255) cAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGtt < 1:2540531/91‑1 (MQ=255) cAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGtt < 2:1132994/91‑1 (MQ=255) cAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGtt > 1:679311/1‑91 (MQ=255) gTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTca > 1:2313671/1‑91 (MQ=255) ttATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTcagc < 1:1277783/91‑1 (MQ=255) ttttATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGAct < 2:1159756/91‑1 (MQ=255) ttttATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGAct > 1:1599678/1‑91 (MQ=255) tttATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGActc > 1:1424747/1‑91 (MQ=255) tttATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGActc < 2:3274374/91‑1 (MQ=255) tttATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGActc < 2:3562751/91‑1 (MQ=255) ttATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGActct < 2:665157/91‑1 (MQ=255) tATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTa > 1:1907387/1‑91 (MQ=255) tATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTa < 2:2616472/91‑1 (MQ=255) tATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTa > 2:1339382/1‑91 (MQ=255) tATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTa > 2:517538/1‑91 (MQ=255) ttCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGTAGACTCTAAt > 2:1873389/1‑91 (MQ=255) aaatatAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATg > 2:157940/3‑91 (MQ=255) atatAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGAGTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGaa < 2:3379254/91‑1 (MQ=255) tataACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAAt > 2:928794/1‑91 (MQ=255) tataACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAAt > 2:669420/1‑91 (MQ=255) tataACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATGAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAAt < 1:3367996/91‑1 (MQ=255) aaCCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACttcagattcattagagtctgctg < 1:985583‑M1/91‑24 (MQ=255) aaCCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTg < 1:819377/91‑1 (MQ=255) aCCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGa > 2:519345/1‑91 (MQ=255) ccATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGgttcagattcattagagtctgctga < 1:3454092‑M1/91‑26 (MQ=255) tGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCTTTTTATTTTAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcg < 2:3625339‑M2/91‑3 (MQ=255) tGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcg < 2:2656731‑M2/91‑3 (MQ=255) tGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcg < 2:3626601‑M2/91‑3 (MQ=255) aTCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTACTGAATCTGAACcgtga < 2:275962‑M2/91‑6 (MQ=255) aTCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcgtga > 2:1654509‑M2/1‑86 (MQ=255) tCACGTGGTGAAGCATAGCTATTAATTTCATTTTCATTAAGCCATATATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcgtgaa > 1:1154177‑M2/1‑85 (MQ=255) tCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaa < 1:2006221‑M1/91‑33 (MQ=255) tCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcgtgaa < 2:1029126‑M2/91‑7 (MQ=255) tCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcgtgaa < 2:2478780‑M2/91‑7 (MQ=255) aCGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaat < 1:2814610‑M1/91‑35 (MQ=255) aCGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATg > 2:3854093/1‑91 (MQ=255) aCGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATg > 2:1051650/1‑91 (MQ=255) ccacgtgATGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGa > 1:3728934/5‑91 (MQ=255) cGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaatt < 1:935342‑M1/91‑36 (MQ=255) cGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGa < 1:2433677/91‑1 (MQ=255) cGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGa < 2:2608628/91‑1 (MQ=255) cGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGa < 2:2384759/91‑1 (MQ=255) ggtgAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGatat < 1:3216684/91‑1 (MQ=255) gtgAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATAtt > 2:2382437/1‑91 (MQ=255) tgAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATAttt < 1:1032482/91‑1 (MQ=255) atgCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAACCTGAACCGTGAATGATATTTCt > 2:3129555/3‑91 (MQ=255) aGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTa > 1:839186/1‑91 (MQ=255) gCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaattaatctatgg < 2:3831519‑M1/91‑45 (MQ=255) aTAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCa < 2:808370/91‑1 (MQ=255) tAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCaa > 2:252730/1‑91 (MQ=255) gCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACa < 1:2246952/91‑1 (MQ=255) gCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACa < 1:3151634/91‑1 (MQ=255) tAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGt < 1:131056/91‑1 (MQ=255) gTAATTTCATTTTCATTATACCATAGACTAATTTCACTTTCAGCAGACTCTAATGAACCTGAACCGTGAATGATACTGCTACCAACAGttc > 2:1320620/1‑90 (MQ=255) tAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTaa < 1:111523/91‑1 (MQ=255) aaTTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTaaa < 1:2696867/91‑1 (MQ=255) aTTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAAc < 1:2085973/91‑1 (MQ=255) aTTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAAc > 1:3829868/1‑91 (MQ=255) tttcattttcatTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAAcc > 2:1543447/1‑91 (MQ=255) tttcattttcatTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAAcc > 1:2873834/1‑91 (MQ=255) ttcattttcattAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCt < 1:2882871/91‑1 (MQ=255) tcattttcattAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTa < 1:2217128/91‑1 (MQ=255) tcattttcattAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTa > 1:3441372/1‑91 (MQ=255) tcattttcattAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTa < 2:3793545/91‑1 (MQ=255) tttcattAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATc < 1:3146807/91‑1 (MQ=255) attAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACct > 1:1338640/1‑91 (MQ=255) ttAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACctc < 1:2411835/91‑1 (MQ=255) tAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACctct > 2:393034/1‑91 (MQ=255) aaaCCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTa < 2:1693484/91‑1 (MQ=255) caCCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTaa > 2:2935374/2‑91 (MQ=255) aaCCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTaa < 1:2662520/91‑1 (MQ=255) aaCCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTaa < 1:2176078/91‑1 (MQ=255) aaCCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTaa < 2:3822257/91‑1 (MQ=255) aCCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAAt < 2:2741641/91‑1 (MQ=255) acggaGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAAtt < 1:1484261/87‑1 (MQ=255) cATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTg > 1:3584004/1‑91 (MQ=255) cATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTg < 1:1063166/91‑1 (MQ=255) aTAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGa < 1:1974034/91‑1 (MQ=255) tAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGAt > 1:3646513/1‑91 (MQ=255) gATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATCATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATcc > 1:3083654/1‑91 (MQ=255) ttAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcacca < 1:3169004‑M2/91‑55 (MQ=255) ttAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTg > 1:464583/1‑91 (MQ=255) ttAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTg > 2:1742325/1‑91 (MQ=255) aTTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACcgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcaccacgt < 1:2819889‑M2/91‑58 (MQ=255) aTTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTg < 1:2558309/91‑1 (MQ=255) aTTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTg < 2:2174812/91‑1 (MQ=255) ttCACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcaccacgtga > 1:414945‑M1/1‑6 (MQ=255) ttCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGaa < 2:1258074/91‑1 (MQ=255) tCACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcaccacgtgat < 1:2486527‑M1/91‑87 (MQ=255) tCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAg < 1:1738071/91‑1 (MQ=255) tCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAg > 1:2510421/1‑91 (MQ=255) cACGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcaccacgtgatg < 1:744200‑M1/91‑88 (MQ=255) aCGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAGCt > 1:1827492/1‑91 (MQ=255) aCGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAGCt > 1:1371218/1‑91 (MQ=255) aCGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAGCt > 2:736868/1‑91 (MQ=255) cGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcaccacgtgatgca < 2:2557252‑M1/91‑90 (MQ=255) cGgttcagattcattagagtctgctgaacgtgaaattaatctatggtttaatgaaaatgaaattactagctatgcttcaccacgtgatgca < 2:1316696‑M1/91‑90 (MQ=255) | TACAGTTTATATTTTATTCATATAACCATGCATCACGTGGTGAAGCATAGCTAGTAATTTCATTTTCATTAAACCATAGATTAATTTCACGTTCAGCAGACTCTAATGAATCTGAACCGTGAATGATATTTCTACCAACAGTTAAACCTAAATCACCTCTAATTGATCCTGGTGAAGCTTC > USA300TCH1516_ALE/1539683‑1539863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |