| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1614319 = | 184 (0.970) | 17 (0.100) | 9/150 | NT | 8.3% | intergenic (+14/+64) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1614368 = | 202 (1.130) | intergenic (+63/+15) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD | |||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ACATGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATA > USA300TCH1516_ALE/1614229‑1614409 | actacccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactca < 2:2256023‑M1/1‑1 (MQ=255)actacccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactca < 2:1442636‑M1/1‑1 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 2:1715733/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:1321421/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 1:417735/1‑91 (MQ=255)acaTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaa > 2:746167/1‑91 (MQ=255) caTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaa > 2:1187880/1‑91 (MQ=255) caTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaa < 1:1361870/91‑1 (MQ=255) caTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaa < 2:3032787/91‑1 (MQ=255) caTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaa > 2:765211/1‑91 (MQ=255) aTGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAAATAATCAACCAATTTaaaaa > 2:2019349/1‑91 (MQ=255) acccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaaaa < 1:2248120‑M1/4‑1 (MQ=255) acccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaaaa > 1:3047689‑M1/88‑91 (MQ=255) acccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaaaa < 1:3679701‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAg < 2:883305/91‑1 (MQ=255) cgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGc > 2:2081513/1‑91 (MQ=255) cgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGc > 1:675538/1‑91 (MQ=255) cgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGc > 2:2499702/1‑91 (MQ=255) cGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcac < 1:836471/91‑1 (MQ=255) cGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcac > 1:1603263/1‑91 (MQ=255) cGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcac < 1:3290091/91‑1 (MQ=255) gTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcaca < 1:1235622/91‑1 (MQ=255) tGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACaa < 2:3353449/91‑1 (MQ=255) gATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAAt > 2:366160/1‑91 (MQ=255) gATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAAt > 1:719555/1‑91 (MQ=255) tCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAg > 1:2932237/1‑91 (MQ=255) gTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGca < 2:2364644/91‑1 (MQ=255) gTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGca < 2:1361116/91‑1 (MQ=255) ttCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcac < 1:1283405/91‑1 (MQ=255) ttCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcac < 1:2426399/91‑1 (MQ=255) aGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAt > 2:2462385/1‑91 (MQ=255) gTGGTTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtt < 1:3133074/91‑1 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGCAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCACCCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACActtt > 2:126469/1‑91 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtttt > 1:1000177/1‑91 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAAACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtttt > 2:2950695/1‑91 (MQ=255) aTTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAttttt > 1:2539922/1‑91 (MQ=255) cagcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTc < 1:2900710/91‑1 (MQ=255) cagcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTc > 2:3713380/1‑91 (MQ=255) agcaAAAGACGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCa < 1:3727911/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCAtgt < 1:897008/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCAtgtg > 2:2106444/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCAtgtg < 2:122426/91‑1 (MQ=255) agaagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTa > 2:90206/1‑91 (MQ=255) aagaatCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt < 2:3574014/91‑1 (MQ=255) aagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt > 1:2049402/1‑91 (MQ=255) aaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt > 2:313586‑M1/50‑91 (MQ=255) aaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt > 2:1109633‑M1/50‑91 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 2:982738/1‑91 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 1:2649481/1‑91 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg < 1:3565509/91‑1 (MQ=255) aaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 2:1926119‑M1/49‑91 (MQ=255) agCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa > 2:819333/1‑91 (MQ=255) agCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa > 1:3403676/1‑91 (MQ=255) aaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa > 1:1834082‑M1/48‑91 (MQ=255) aatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGAc > 2:1565209‑M1/47‑91 (MQ=255) gATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACtt > 2:2673166/1‑91 (MQ=255) gtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACttt > 2:3058356‑M1/44‑91 (MQ=255) aTTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACttt < 2:2610981/91‑1 (MQ=255) aTTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACttt < 2:3552749/91‑1 (MQ=255) ttCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACtttt > 2:3688738/1‑91 (MQ=255) cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa > 2:1260460/1‑91 (MQ=255) cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa < 2:3512082/91‑1 (MQ=255) 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tttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTgg > 1:2140886/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGtt < 2:2916365/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTta < 1:1776667/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTtat > 1:2734675/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTtat > 1:298951/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTtat < 1:1018071/91‑1 (MQ=255) | ACATGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATA > USA300TCH1516_ALE/1614229‑1614409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |