New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1614319 = | 184 (0.970) | 17 (0.100) | 9/150 | NT | 8.3% | intergenic (+14/+64) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
? | USA300TCH1516_ALE | 1614368 = | 202 (1.130) | intergenic (+63/+15) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACATTTTTCTAATTTGAGATTTCGAAACATGTGTATAGAGTTGGGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/1614279‑1614458 | cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa > 2:1260460/1‑91 (MQ=255) cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa > 2:3680224/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTggg > 1:1648269/1‑89 (MQ=255) aaTTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATAATTAGTCATGTGTATTGTGACACTTGAg > 2:899128/1‑91 (MQ=255) ttAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGtt < 1:2493751/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGtt > 2:436928/1‑91 (MQ=255) tAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTa < 2:2932237/91‑1 (MQ=255) aGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTAtt > 2:346624/1‑91 (MQ=255) aGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTAtt < 1:3552798/91‑1 (MQ=255) aaaaCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGt < 2:320816/91‑1 (MQ=255) aaaaCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGt < 2:1792734/91‑1 (MQ=255) aaCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTc > 2:1167596/1‑91 (MQ=255) cATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCAc < 2:2652678/91‑1 (MQ=255) aTAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACt > 2:28170/1‑91 (MQ=255) 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attaatCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGctct < 1:651909/91‑1 (MQ=255) aagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAg > 2:1188091‑M1/17‑91 (MQ=255) tCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGAt > 2:494355/1‑91 (MQ=255) tCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGAt > 2:3104695/1‑91 (MQ=255) cAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATg > 1:2351956/1‑91 (MQ=255) aaCCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGa < 2:3100185/91‑1 (MQ=255) aCCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGaa < 2:1694680/91‑1 (MQ=255) aCCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGaa > 1:1576172/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTgg > 1:2140886/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGtt < 2:2917521/91‑1 (MQ=255) aaaacaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTta < 1:3226943/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTta < 1:1776667/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTta > 2:3495389/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTtat < 1:1018071/91‑1 (MQ=255) AAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTtata > 2:1319406‑M1/1‑91 (MQ=255) aaagtcacaatacacatgactaaaaatgtctgtgctattgtggcttttGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATAc > 2:3058356‑M2/49‑91 (MQ=255) AAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATAc > 2:1340240‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTATGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACa < 1:2079250‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAtt < 1:916515‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAtt < 2:1731095‑M1/91‑1 (MQ=255) tcacaatacacatgactaaaaatgtctgtgctattgtggcttttGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAttt > 1:1834082‑M2/45‑91 (MQ=255) cacaatacacatgactaaaaatgtctgtgctattgtggcttttGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAtttt > 2:600669‑M2/44‑91 (MQ=255) cacaATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAtttt < 1:3632411/91‑1 (MQ=255) cacaATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAtttt < 1:848769/91‑1 (MQ=255) acaatacacatgactaaaaatgtctgtgctattgtggcttttGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAttttt > 2:1109633‑M2/43‑91 (MQ=255) acaATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAttttt < 2:2886996/91‑1 (MQ=255) acaATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAttttt < 2:2452167/91‑1 (MQ=255) acaATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAttttt < 1:3204797/91‑1 (MQ=255) acaATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACAttttt > 2:799076/1‑91 (MQ=255) aaTAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACATTTTTCt < 2:956383/91‑1 (MQ=255) aTAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACATTTTTCTa > 2:1036744/1‑91 (MQ=255) tacacatgactaaaaatgtctgtgctattgtggcttttGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACATTTTTCTaa > 2:1189416‑M2/39‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |