| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1721519 = | 196 (1.030) | 19 (0.110) | 14/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑236/+49) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1721556 = | 155 (0.920) | intergenic (‑273/+12) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTC > USA300TCH1516_ALE/1721429‑1721609 | cattcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAAt > 1:506339/1‑91 (MQ=255)cattcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAAt > 2:629172/1‑91 (MQ=255) gtaagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTa < 2:812360‑M1/2‑1 (MQ=255) gtaagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTa < 1:1882669‑M1/2‑1 (MQ=255) attcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATa > 2:2390891/1‑91 (MQ=255) tcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATAct < 2:48336/91‑1 (MQ=255) aagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTAct > 2:3034279‑M1/88‑91 (MQ=255) aagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTAct < 2:102000‑M1/4‑1 (MQ=255) aagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaaaaataattaaaaagatttTAct > 2:3685466‑M1/88‑91 (MQ=255) aagctagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatattgaaatggaagaataattaaaaagatttTAct > 1:3496130‑M1/88‑91 (MQ=255) gttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTActct > 2:3304837‑M1/86‑91 (MQ=255) atatAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATActct < 1:2147109/91‑1 (MQ=255) tataAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCtt > 2:715086/1‑91 (MQ=255) taAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGc < 2:591233/91‑1 (MQ=255) 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ttAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTcccc > 2:2891581/1‑91 (MQ=255) ttAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTcccc < 2:3877169/91‑1 (MQ=255) tAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCa > 1:2782641/1‑91 (MQ=255) aaCTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCAt > 2:514997/1‑91 (MQ=255) aaCTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCAt > 1:3450068/1‑91 (MQ=255) aaCTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCAt < 2:3268047/91‑1 (MQ=255) cTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCt > 1:1979820/1‑91 (MQ=255) cTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCt > 1:170006/1‑91 (MQ=255) tAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTa > 1:100781/1‑91 (MQ=255) tAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTa > 2:887211/1‑91 (MQ=255) tAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTa < 2:2476761/91‑1 (MQ=255) aGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTaa < 1:3127517/91‑1 (MQ=255) atatTTTACCATATTTTCAATATAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAgg < 2:3124651/91‑1 (MQ=255) tatTTTACTATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAATAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGt < 2:3376097/91‑1 (MQ=255) tatTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGt > 2:1524908/1‑91 (MQ=255) tatTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGt > 1:904197/1‑91 (MQ=255) 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aatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCaa > 2:1988607‑M1/60‑91 (MQ=255) aCCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCaa < 1:2217850/91‑1 (MQ=255) ccATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTAAAGGTTAGCAag < 2:1774080/91‑1 (MQ=255) ccATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGAATTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAag > 2:3421337/1‑91 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTa < 2:493859/91‑1 (MQ=255) ttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaaa < 1:2008880/91‑1 (MQ=255) atgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatgtTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaaa > 1:3370200‑M1/52‑91 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAAt > 2:971444/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |