New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1721519 = | 196 (1.030) | 19 (0.110) | 14/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑236/+49) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1721556 = | 155 (0.920) | intergenic (‑273/+12) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAACTTACCA > USA300TCH1516_ALE/1721466‑1721646 | ttttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaa > 1:2558987/1‑91 (MQ=255) ttttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaa < 1:2002954/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa > 2:2298210/1‑91 (MQ=255) ttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaaa < 1:2008934/91‑1 (MQ=255) atgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaaa > 1:1648998‑M1/52‑91 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAAt < 1:3034084/91‑1 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAAt > 2:971444/1‑91 (MQ=255) aaTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCt > 1:861734/1‑91 (MQ=255) aaTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCt > 2:3792579/1‑91 (MQ=255) aTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACCTTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtt < 1:3105464/91‑1 (MQ=255) aTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtt > 2:1354061/1‑91 (MQ=255) aTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCCCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtt > 1:3183475/1‑91 (MQ=255) aTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCCCCCCATCATTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtt > 1:3183660/1‑91 (MQ=255) gaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtttt > 2:2606743‑M1/46‑91 (MQ=255) aaaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtttt < 1:2390891/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttttt > 1:2412196/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTa < 1:1425254/91‑1 (MQ=255) ttATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAat < 2:3268655/91‑1 (MQ=255) ttATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAat < 1:2058402/91‑1 (MQ=255) ttATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAat < 2:1760012/91‑1 (MQ=255) ataAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAatta > 1:2306246/1‑91 (MQ=255) taAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattat > 2:2726297/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:2108174/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt > 1:3812149/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:3740773/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:975198/91‑1 (MQ=255) gCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttct < 1:1582482/91‑1 (MQ=255) gCGTTAACTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttct < 1:1930911/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttctt > 2:1248195/1‑91 (MQ=255) atttatAGATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATCTCa < 2:3439833/91‑1 (MQ=255) atttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCa < 2:917847/91‑1 (MQ=255) atttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCa > 1:3349767/1‑91 (MQ=255) tttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAg < 2:3846907/91‑1 (MQ=255) aatggaagaataattaaaaagattttactcttgctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAg > 2:3038876‑M2/63‑91 (MQ=255) tataCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTa > 1:102000/1‑91 (MQ=255) ataCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAt < 1:1423110/91‑1 (MQ=255) cATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTa < 1:3216485/91‑1 (MQ=255) cATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTa < 1:1758996/91‑1 (MQ=255) cATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTa < 2:3525177/91‑1 (MQ=255) cATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTa < 1:743818/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTAc < 2:1836954/91‑1 (MQ=255) ttGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACa > 1:2046340/1‑91 (MQ=255) cTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAAct < 2:635243/91‑1 (MQ=255) tGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAActtc < 1:2218669/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACttcttc > 2:2076582/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACttcttc > 1:1090904/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACttcttc < 1:3340039/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACttcttc > 1:144597/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAAt > 2:2573195/1‑91 (MQ=255) ttttactcttgctaaccttaaagatggggaggcaagagtaACATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCAt > 1:3370200‑M2/41‑91 (MQ=255) aaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCAt < 1:1097893/91‑1 (MQ=255) aTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGt > 1:3478931/1‑91 (MQ=255) aTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGt > 2:2969770/1‑91 (MQ=255) aTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGt < 2:443984/91‑1 (MQ=255) tactcttgctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTc > 2:1546434‑M2/38‑91 (MQ=255) ACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTcc < 1:3607655‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTcc < 2:2142855‑M1/91‑1 (MQ=255) tcttgctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCa > 2:3641455‑M2/35‑91 (MQ=255) cttgctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAt > 2:2225334‑M2/34‑91 (MQ=255) CTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAt < 1:2344718‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAt < 1:3218132‑M1/91‑1 (MQ=255) ttgctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAtt > 2:1988607‑M2/33‑91 (MQ=255) TGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttc > 1:715086‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttc < 2:47275‑M1/91‑1 (MQ=255) gctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttct > 1:442466‑M2/31‑91 (MQ=255) ctaaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttctt > 1:2473693‑M2/30‑91 (MQ=255) taaccttaaagatggggaggcaagagtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttcttc > 2:3734839‑M2/29‑91 (MQ=255) cTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttcttc < 1:1323503/91‑1 (MQ=255) cTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttcttc < 2:12831/91‑1 (MQ=255) cccATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTtcatc > 2:2855893/1‑91 (MQ=255) 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agtaAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAATATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAGCtt > 1:3496130‑M2/5‑91 (MQ=255) taAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTGCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTCACTTAc > 2:1381040‑M2/3‑91 (MQ=255) taAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAACTTAc < 2:505745‑M2/89‑1 (MQ=255) aAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAACTTAcc < 2:1942760‑M2/90‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAACTTacca < 1:680260/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAACTTacca > 2:713107/1‑91 (MQ=255) | TTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTACTAACTTACCA > USA300TCH1516_ALE/1721466‑1721646 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |