| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747135 | 151 (0.790) | 16 (0.100) | 11/132 | NT | 10.2% | intergenic (‑169/+34) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747146 | 157 (1.000) | intergenic (‑180/+23) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
ACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTG > USA300TCH1516_ALE/1747045‑1747225 | aCTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAA < 2:2756070‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAAc < 2:1381828/91‑1 (MQ=255) tttAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAAct > 1:2133800/1‑91 (MQ=255) tAATTATGCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAActct < 2:3726949/91‑1 (MQ=255) aaTTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCtt > 2:297271/1‑91 (MQ=255) attttaCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCttt > 2:910147/5‑91 (MQ=255) 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atttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTa < 1:1206378/91‑1 (MQ=255) tttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaa < 1:2266490/91‑1 (MQ=255) cttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaa < 2:3844164/90‑1 (MQ=255) tatatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATc < 2:15130/91‑1 (MQ=255) atatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCt > 1:1529636/1‑91 (MQ=255) tatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt < 2:3080077/91‑1 (MQ=255) tatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt < 2:2872300/91‑1 (MQ=255) tatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtttt > 2:1006895/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |