New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747135 | 151 (0.790) | 16 (0.100) | 11/132 | NT | 10.2% | intergenic (‑169/+34) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1747146 | 157 (1.000) | intergenic (‑180/+23) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGAT > USA300TCH1516_ALE/1747056‑1747235 | aCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGt > 1:1106759/1‑91 (MQ=255) aCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGt < 2:2279023/91‑1 (MQ=255) aCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGt > 1:2919661/1‑91 (MQ=255) cATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTtt < 2:2266400‑M2/91‑3 (MQ=255) ttttttAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTttca > 1:1802892‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttttAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTttca > 1:1693781‑M2/1‑87 (MQ=255) 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tatttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACt < 1:1392349/91‑1 (MQ=255) atttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTa > 1:826097/1‑91 (MQ=255) atttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTa < 1:1206378/91‑1 (MQ=255) tttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaa > 2:3534088/1‑91 (MQ=255) cttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaa < 2:3844164/90‑1 (MQ=255) atatatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAAt > 2:3398414/1‑91 (MQ=255) tatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt < 2:2872300/91‑1 (MQ=255) tatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt < 2:1390811/91‑1 (MQ=255) tatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt < 2:3080077/91‑1 (MQ=255) atatTTTGTTAAATTTAAATACAGTAAAAAGCGGTATGTGCACTCTTTATTGTttcacataccgctttttactttatttaactttaacaaa < 2:569614‑M2/91‑39 (MQ=255) tatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtttt > 2:1006895/1‑91 (MQ=255) tttGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCAt < 2:3094348/91‑1 (MQ=255) ttGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATc < 2:423885/91‑1 (MQ=255) tttaaatttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGt < 2:2089371/90‑1 (MQ=255) gTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGt < 2:2054456/91‑1 (MQ=255) ttaaatttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGtt < 1:2232178/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |