| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1759667 = | 202 (1.060) | 13 (0.080) | 7/132 | NT | 8.5% | intergenic (‑374/+100) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1759723 = | 114 (0.730) | intergenic (‑430/+44) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAAC > USA300TCH1516_ALE/1759577‑1759757 | ctacgcgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaacta > 2:1786766‑M1/91‑91 (MQ=255)aaGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACa < 1:2484337/91‑1 (MQ=255) tacgcgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaattaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactaa < 1:3369158‑M1/2‑1 (MQ=255) tacgcgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactaa < 1:882758‑M1/2‑1 (MQ=255) acgcgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactaaa < 2:2211099‑M1/3‑1 (MQ=255) gcgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAAc > 1:3143790‑M1/87‑91 (MQ=255) cgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACt > 1:1294322‑M1/86‑91 (MQ=255) cgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACt > 2:498981‑M1/86‑91 (MQ=255) cgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACt > 1:2371583‑M1/86‑91 (MQ=255) cgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACt < 1:471896‑M1/6‑1 (MQ=255) cgctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACt > 1:3240319‑M1/86‑91 (MQ=255) gctgatacgatttttatctaacgcatttgggcgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTc > 2:153650‑M1/85‑91 (MQ=255) aaTTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTcc > 2:535345/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTcc > 1:2040133/1‑91 (MQ=255) 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gATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGtt < 1:765479/91‑1 (MQ=255) gATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGtt < 2:3491315/91‑1 (MQ=255) gATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGtt > 2:1069357/1‑91 (MQ=255) tttttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTa > 2:1437312/1‑91 (MQ=255) tttttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTa < 2:3530963/91‑1 (MQ=255) ttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGaa < 2:602696/91‑1 (MQ=255) ttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGaa < 2:1219720/91‑1 (MQ=255) tttCAAATAAATAGTAGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAt > 1:3309268/1‑91 (MQ=255) aataaataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtttttt < 2:32851/91‑1 (MQ=255) aataaataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtttttt > 1:3453131/1‑91 (MQ=255) ataaataGTGGATTTTTACCTCATTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTa > 2:2499617/1‑91 (MQ=255) ataaataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTa < 2:3869905/91‑1 (MQ=255) ataaataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTa < 2:2080423/91‑1 (MQ=255) cgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTTAGAATTTTTTAAc > 2:2837503‑M1/54‑91 (MQ=255) tGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTc > 2:1898353/1‑91 (MQ=255) ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 2:1347430/1‑91 (MQ=255) ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc < 2:3248613/91‑1 (MQ=255) agtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 2:336980‑M1/50‑91 (MQ=255) ttttACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACAt < 1:535345/91‑1 (MQ=255) taatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 2:343620‑M1/42‑91 (MQ=255) aCCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 2:3117423/1‑91 (MQ=255) aCCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 1:1916178/1‑91 (MQ=255) aCCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 2:2241988/1‑91 (MQ=255) ccGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGa > 1:3779307/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |