New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1759667 = | 202 (1.060) | 13 (0.080) | 7/132 | NT | 8.5% | intergenic (‑374/+100) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1759723 = | 114 (0.730) | intergenic (‑430/+44) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAGCGCGTAGC > USA300TCH1516_ALE/1759633‑1759813 | tttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTCATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTa > 2:3000716/1‑91 (MQ=255) tttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTa < 1:1755275/91‑1 (MQ=255) tttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACCAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTa < 2:3594862/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAg < 2:3779307/91‑1 (MQ=255) tCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgt < 1:788389/91‑1 (MQ=255) cAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtt > 1:2242503/1‑91 (MQ=255) aaTTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgttt < 1:3482798/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgttt > 2:668180/1‑91 (MQ=255) aTTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttg < 1:3042913/91‑1 (MQ=255) tttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgt > 2:2480285/1‑91 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 2:2335353/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 2:2712287/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAAGTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTGAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 1:1004866/91‑1 (MQ=255) tAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgttt < 2:335393/91‑1 (MQ=255) 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aaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACg < 1:341846/91‑1 (MQ=255) aaTCTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACg < 1:3125168/91‑1 (MQ=255) tttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGa > 2:2866923/1‑91 (MQ=255) tttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGa < 2:160812/91‑1 (MQ=255) tttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTCTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGa > 2:2947435/1‑91 (MQ=255) ttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAt < 1:3386917/91‑1 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac < 2:1187335/91‑1 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac > 2:852225/1‑91 (MQ=255) ttCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtact > 1:946963/1‑91 (MQ=255) tGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATactact < 1:1803125/91‑1 (MQ=255) gCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACtt < 2:1348655/91‑1 (MQ=255) gCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACtt > 2:3753638/1‑91 (MQ=255) cATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTtg < 1:2484865/91‑1 (MQ=255) aTAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTtga < 2:2683329/91‑1 (MQ=255) aTAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTtga > 2:1642645/1‑91 (MQ=255) aCAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTtgatga > 1:1174196/1‑91 (MQ=255) 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ACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa > 2:3321755‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa < 2:1514130‑M1/91‑1 (MQ=255) ctcctaatgtggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGat > 2:2536997‑M2/53‑91 (MQ=255) ctcctaatgtggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGat > 1:1824588‑M2/53‑91 (MQ=255) cctaatgtggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta > 2:343498‑M2/51‑91 (MQ=255) CCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 2:2732236‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 2:469210‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGattact < 2:2928676‑M1/91‑1 (MQ=255) 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agttttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAgcg > 1:2370995‑M2/7‑91 (MQ=255) agttttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAgcg > 1:3240319‑M2/7‑91 (MQ=255) ttttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAGcgcg < 2:1873325‑M2/87‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAGCGCGTa > 1:3347364‑M2/3‑91 (MQ=255) tAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAGCGCGTAg > 2:1786766‑M2/2‑91 (MQ=255) aGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAGCGCGTAGc > 2:2770552/1‑91 (MQ=255) | TTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATCGTATCAGCGCGTAGC > USA300TCH1516_ALE/1759633‑1759813 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |