| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1822873 | 129 (0.680) | 12 (0.070) | 10/142 | NT | 8.3% | intergenic (+194/+52) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1822899 | 151 (0.890) | intergenic (+220/+26) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase | |||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAT > USA300TCH1516_ALE/1822783‑1822963 | tCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTA < 2:2747327‑M1/91‑1 (MQ=255) tAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcct < 1:3382180/91‑1 (MQ=255) tAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcct > 1:2985546/1‑91 (MQ=255) tAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATACTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcct > 1:3095957/1‑91 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc > 2:1541777/1‑91 (MQ=255) cttcttCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTa < 1:1007644/91‑1 (MQ=255) cttcttCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTa < 1:1929555/91‑1 (MQ=255) cttcttCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTa < 2:2982036/91‑1 (MQ=255) ttcttcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTAc < 2:336348/91‑1 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAtata > 2:2481035/1‑91 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAtata < 2:858184/91‑1 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAtata < 2:3458102/91‑1 (MQ=255) gACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATaa < 2:2640180/91‑1 (MQ=255) actactTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAAt > 1:2885753/1‑91 (MQ=255) actactTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAAt < 2:2550436/91‑1 (MQ=255) actactTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAAt < 2:2001821/91‑1 (MQ=255) actTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatat < 1:1378623‑M1/91‑19 (MQ=255) actTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGt < 2:3118305/91‑1 (MQ=255) actTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGt > 1:1335666/1‑91 (MQ=255) ttAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAg > 2:404506/1‑91 (MQ=255) ttAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAg < 1:1250974/91‑1 (MQ=255) aaTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtag < 2:193278‑M1/91‑23 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 2:1268679/1‑91 (MQ=255) ttCTTTATGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAACTGTAGCGga < 1:1945875/91‑1 (MQ=255) tCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGgag < 1:1752641/91‑1 (MQ=255) tCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGgag > 2:1456417/1‑91 (MQ=255) tttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAt > 1:521675‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAt > 1:1777744‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAt > 1:1779810‑M2/1‑90 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggta < 1:2345229‑M1/91‑29 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggta < 1:2342884‑M1/91‑29 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAta < 1:1790649‑M2/91‑3 (MQ=255) aaGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtaga < 2:2340645‑M1/91‑31 (MQ=255) aaGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtaga > 1:3183175‑M2/1‑87 (MQ=255) aGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagac < 1:3721302‑M2/91‑6 (MQ=255) atatTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgc > 1:3061671‑M2/1‑84 (MQ=255) tatTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtagacgct < 2:3749198‑M1/91‑35 (MQ=255) ttCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTa > 2:1049208/1‑91 (MQ=255) ttCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTa < 2:1280926/91‑1 (MQ=255) ttCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTa < 2:1207420/91‑1 (MQ=255) tCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTaa > 1:836158/1‑91 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat > 2:2392736/1‑91 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat > 2:622187/1‑91 (MQ=255) tGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAatat < 1:369600/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt > 2:3696936/1‑91 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt > 2:428018/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |