| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1870432 = | 192 (1.010) | 11 (0.060) | 7/150 | NT | 5.7% | coding (82/792 nt) | srkA | Stress response kinase A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1870465 = | 183 (1.030) | coding (49/792 nt) | srkA | Stress response kinase A | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GTTTCGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCA > USA300TCH1516_ALE/1870342‑1870521 | atttctagagccattttctaattgaaagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgc < 1:1301277‑M1/1‑1 (MQ=255) tttctagagccattttctaattgaaagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCa > 1:2559065‑M1/90‑91 (MQ=255) tttctagagccattttctaattgaaagtgaggtgaacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCa > 1:641119‑M1/90‑91 (MQ=255) tttCGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCa < 2:2609941/91‑1 (MQ=255) tttgagagccattttctaattgaaagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCAt > 1:3006746‑M1/89‑91 (MQ=255) ttctagagccattttctaattgaaagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCAt > 1:3404381‑M1/89‑91 (MQ=255) ttctagagccattttctaattgaaagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCAt > 2:1639259‑M1/89‑91 (MQ=255) ttCGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCAt < 2:2438080/91‑1 (MQ=255) tCGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATc > 1:188890/1‑91 (MQ=255) tCGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATc < 1:3429022/91‑1 (MQ=255) cGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCt < 2:111230/91‑1 (MQ=255) gTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCtt > 2:1831586/1‑91 (MQ=255) tCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTCGAATTTGGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTg > 1:1912139/1‑91 (MQ=255) ccATACTTATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGt < 1:1945856/91‑1 (MQ=255) ccATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGt < 1:1074466/91‑1 (MQ=255) aTACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTc > 2:45046/1‑91 (MQ=255) aTACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTc > 2:3139303/1‑91 (MQ=255) tACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCa > 1:287967/1‑91 (MQ=255) aCTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAg < 2:3073905/91‑1 (MQ=255) tAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGcc < 1:3746683/91‑1 (MQ=255) tAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGcc < 1:322305/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCa < 2:895392/91‑1 (MQ=255) aTTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCat > 2:1257594/1‑91 (MQ=255) ttGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCatat > 2:1304311/1‑91 (MQ=255) ttGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCatat < 2:1733130/91‑1 (MQ=255) tGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCatata < 2:829344/91‑1 (MQ=255) gggCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCatatat > 1:3118214/1‑91 (MQ=255) ggCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATg < 2:1977493/91‑1 (MQ=255) gCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGc < 2:1743079/91‑1 (MQ=255) acaATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCtt < 1:2834813/91‑1 (MQ=255) caATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTc < 1:2420449/91‑1 (MQ=255) caATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTc > 1:1496190/1‑91 (MQ=255) caATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTc < 1:344237/91‑1 (MQ=255) aaagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTc > 2:1160432‑M1/67‑91 (MQ=255) aagtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCa > 1:552623‑M1/66‑91 (MQ=255) aaTACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCa < 1:2476636/91‑1 (MQ=255) agtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggacacttgattcagcaggtggtgCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCAc > 1:2122618‑M1/65‑91 (MQ=255) agtgaggtggacgagttggagcagttttatcaattagggtggaaacttgattcagcaggtggtgCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCAc > 1:3882212‑M1/65‑91 (MQ=255) aTACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAGCTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCAc < 1:1555425/91‑1 (MQ=255) ccTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAg < 2:3718186/91‑1 (MQ=255) cTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGa > 1:750157/1‑91 (MQ=255) ttCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGAt > 2:3733995/1‑91 (MQ=255) tgctgATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGca > 2:3553487/1‑91 (MQ=255) gctgATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGcac < 2:1289516/91‑1 (MQ=255) tgATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGcacca < 1:627024/91‑1 (MQ=255) gATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGcaccac > 1:239605/1‑91 (MQ=255) aTAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCaccacc > 1:482375/1‑91 (MQ=255) aTAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCaccacc > 1:1728468/1‑91 (MQ=255) aTGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACctgc > 1:2270594/1‑91 (MQ=255) aTGCCGCAAGAAATGGGTTTGAATTTCGTTTTATAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACctgc < 2:3237551/91‑1 (MQ=255) tGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACctgct < 1:2046886/91‑1 (MQ=255) gCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACctgctg > 1:2928286/1‑91 (MQ=255) gCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACctgctg > 2:3589262/1‑91 (MQ=255) ccGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGa > 2:1646273/1‑91 (MQ=255) ccGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGa > 2:2489319/1‑91 (MQ=255) ccGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGa > 2:2123825/1‑91 (MQ=255) aaTAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCa < 1:3706057/91‑1 (MQ=255) aaTAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCa < 1:3646761/91‑1 (MQ=255) aTAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCaa < 1:1306266/91‑1 (MQ=255) aTAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCaa > 2:1527943/1‑91 (MQ=255) aTAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCaa > 2:272483/1‑91 (MQ=255) aTAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCaa < 1:810778/91‑1 (MQ=255) tAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAg > 2:275899/1‑91 (MQ=255) tAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAg < 2:2088333/91‑1 (MQ=255) aaTGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAgtg > 2:3454129/1‑91 (MQ=255) tGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTc < 2:2807605/91‑1 (MQ=255) ggATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTcc > 2:339515/1‑91 (MQ=255) gATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCa > 1:1880526/1‑91 (MQ=255) tttGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCAcc > 2:2377307/1‑91 (MQ=255) tttGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCAcc > 1:2199787/1‑91 (MQ=255) 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aaaaCAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTg < 2:735839/91‑1 (MQ=255) aacaacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCt > 2:26602/1‑91 (MQ=255) acaacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTc > 1:3064889/1‑91 (MQ=255) acaacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTc < 1:2089122/91‑1 (MQ=255) acaacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTc < 1:1426302/91‑1 (MQ=255) caacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTcc > 2:2826913/1‑91 (MQ=255) caacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTcc < 1:2952128/91‑1 (MQ=255) caacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTcc < 1:275887/91‑1 (MQ=255) caacTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTcc > 1:734527/1‑91 (MQ=255) cTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAAc < 2:2270594/91‑1 (MQ=255) ttttGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACt < 1:2708001/91‑1 (MQ=255) tttGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTc > 2:2932258/1‑91 (MQ=255) ttGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCg < 1:889552/91‑1 (MQ=255) tGTCCATCTAGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCAAACTCGt > 1:1946767/1‑91 (MQ=255) | GTTTCGTCCATACTAATTTGGGCACAATACCTTCTGCTGATAATGCCGCAATAAATGGATTTGAATTTCGTTTTAAAAACAACTTTTGTCCATCTTGTTCAGCCATATATGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCA > USA300TCH1516_ALE/1870342‑1870521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |