| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928296 | 177 (0.930) | 18 (0.110) | 8/140 | NT | 10.5% | intergenic (‑250/+51) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928318 | 151 (0.910) | intergenic (‑272/+29) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGC > USA300TCH1516_ALE/1928206‑1928386 | aatCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaa > 2:605084/3‑91 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:3159125/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:644951/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:3498146/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa > 2:1959714/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATGTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAtt < 2:88897/91‑1 (MQ=255) ttttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCt < 1:462991/91‑1 (MQ=255) ttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTTATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTAt < 2:2497915/91‑1 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc > 1:2571055/1‑91 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc > 2:1188405/1‑91 (MQ=255) tCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATccc > 1:2006094/1‑91 (MQ=255) tCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATccc < 1:3383108/91‑1 (MQ=255) ccAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATtccc > 2:391914/1‑91 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa > 1:1012139/1‑91 (MQ=255) gtgtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAg < 1:2556356/91‑1 (MQ=255) gtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAt < 2:1088140/91‑1 (MQ=255) gtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAt < 2:3043138/91‑1 (MQ=255) tCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAttt < 1:907952/91‑1 (MQ=255) tttttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCt < 1:2899324‑M2/91‑2 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 1:691733‑M1/55‑91 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 1:3701800‑M1/55‑91 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 1:3656733‑M1/55‑91 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 2:666690‑M1/55‑91 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcat > 1:3495844‑M2/1‑86 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcat > 1:3348246‑M2/1‑86 (MQ=255) tagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATa > 1:1242547‑M1/54‑91 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 2:2892436‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:137852‑M2/91‑8 (MQ=255) tttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGcc > 2:3607321‑M1/51‑91 (MQ=255) tattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagcca < 1:2820354‑M1/91‑33 (MQ=255) tattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcca < 1:2666174‑M2/91‑11 (MQ=255) tatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattaggatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCaa > 2:938282‑M1/49‑91 (MQ=255) attTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccat < 2:2415723‑M1/91‑34 (MQ=255) ttgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattt < 1:304577‑M1/91‑36 (MQ=255) ttgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATg > 1:1816502/1‑91 (MQ=255) tgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 2:1593751/91‑1 (MQ=255) atatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc > 2:212921‑M1/46‑91 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttt < 1:1060854‑M1/91‑38 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:1018068/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:1291577/91‑1 (MQ=255) atttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTa > 1:3215256‑M1/44‑91 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt < 2:2769616/91‑1 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt > 2:3316573/1‑91 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt < 1:154860/91‑1 (MQ=255) gaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAtt < 1:3293551/91‑1 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:1648298/91‑1 (MQ=255) ccAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATg < 1:2776850/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCGTAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTc < 2:3218012/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTc > 2:3430463/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa > 2:6942/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa < 1:1998462/91‑1 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc < 1:2437539/91‑1 (MQ=255) tACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt > 1:1468912/1‑91 (MQ=255) tACTTCATGCACATTCAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt < 2:1872024/91‑1 (MQ=255) aCTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttt < 2:3776847/91‑1 (MQ=255) ttCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaa > 2:1145146/1‑91 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAtt > 2:2875425/1‑91 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAtt > 2:1068773/1‑91 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAta < 2:311883/91‑2 (MQ=255) tctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCt < 1:2477196/91‑1 (MQ=255) ctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTa > 2:865273/1‑91 (MQ=255) ctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTa > 1:2884879/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |