| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928296 | 177 (0.930) | 18 (0.110) | 8/140 | NT | 10.5% | intergenic (‑250/+51) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928318 | 151 (0.910) | intergenic (‑272/+29) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTG > USA300TCH1516_ALE/1928228‑1928408 | cttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATttctt > 1:1272399‑M1/58‑91 (MQ=255) ttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttca < 2:3596251‑M2/91‑5 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 1:691733‑M1/55‑91 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 1:3701800‑M1/55‑91 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 2:666690‑M1/55‑91 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcat < 1:890427‑M2/91‑6 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcat > 1:3328008‑M2/1‑86 (MQ=255) tagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATa > 1:1242489‑M1/54‑91 (MQ=255) tagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATa > 1:1247269‑M1/54‑91 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:1038595‑M2/91‑8 (MQ=255) tttttttATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGTTTTCTTCATAGcc > 2:240149/4‑91 (MQ=255) ttattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcc < 2:240134‑M2/91‑10 (MQ=255) tattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcca > 1:1897387‑M2/1‑81 (MQ=255) attCGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCaa < 1:3496801/91‑1 (MQ=255) ttgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATg > 2:2134454/1‑91 (MQ=255) atatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc > 1:225329‑M1/46‑91 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:37254/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:60567/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt > 2:2767010/1‑91 (MQ=255) ttgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTaa < 1:2891985/91‑1 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt < 2:2769616/91‑1 (MQ=255) aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAttt < 2:398556/91‑1 (MQ=255) cGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTg > 1:1668093/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:1648298/91‑1 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 1:3216211/91‑1 (MQ=255) ccAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATg < 2:245219/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa < 1:1998462/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa > 2:1901053/1‑91 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc > 1:1303510/1‑91 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc > 2:1036641/1‑91 (MQ=255) ttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCt < 1:642648/91‑1 (MQ=255) tACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt > 1:1468912/1‑91 (MQ=255) tACTTCATGCACATTCAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt < 2:1872024/91‑1 (MQ=255) aCTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttt < 2:3776847/91‑1 (MQ=255) aCTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttt < 1:3571260/91‑1 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:2667671/1‑91 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 2:2893305/1‑91 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTAGGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttaa < 1:287534/91‑3 (MQ=255) tCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaa > 2:107025/1‑91 (MQ=255) cATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaaa > 1:1869000/1‑91 (MQ=255) aTGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAt < 1:1392812/91‑1 (MQ=255) aTGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAt < 1:2637018/91‑1 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAtt < 1:3682872/91‑1 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAtt > 2:2875425/1‑91 (MQ=255) gCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTc < 1:3147269/91‑1 (MQ=255) gCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAACGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTc > 1:3442739/1‑91 (MQ=255) ctctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTCGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTcc < 2:2222097/91‑1 (MQ=255) tctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCt < 1:2477196/91‑1 (MQ=255) ctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTa < 1:3351606/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaa < 2:1730277/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaa < 1:1188405/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaa > 1:832649/1‑91 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa < 1:2278833/91‑1 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa > 2:3169205/1‑91 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa < 2:1468912/91‑1 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa < 2:81381/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatat > 2:753367/1‑91 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaa < 2:504846‑M2/91‑58 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatatat < 2:1126790/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATGACAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata > 2:25686/1‑91 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttctaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaagccgtcaatcaaat < 1:3884939‑M2/91‑59 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata > 1:1594863/1‑91 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata < 2:2906897/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata > 1:947406/1‑91 (MQ=255) tGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaata < 1:235951‑M2/91‑60 (MQ=255) TGGCTATGAAAAATTCTATCCCCGTAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTCTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaa < 2:3511775‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaa > 1:2767010‑M1/1‑91 (MQ=255) ggCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataa < 1:1758411‑M2/91‑61 (MQ=255) GGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaaa > 2:88803‑M1/1‑91 (MQ=255) GGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaaa < 1:533004‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaaa < 1:878710‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAAc > 2:955410‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAAc < 1:3825113‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAACCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACt < 1:3030544‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTa < 2:731031‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTa < 1:1821971‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTa < 2:3201056‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaa < 1:3764209‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAGACTaaa > 2:2296360‑M1/1‑91 (MQ=255) TGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaaa < 1:2584872‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaaa > 2:2024184‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGACAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTATTTAAAATAAATAAAAATATATAAACTAAAAg > 2:311191‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCa < 1:197748/91‑1 (MQ=255) ttCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATaa > 2:903785/1‑91 (MQ=255) ttCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATaa > 2:1241675/1‑91 (MQ=255) tCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAg < 2:552752/91‑1 (MQ=255) tATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTa > 1:2815142/1‑91 (MQ=255) tATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTa < 1:2021674/91‑1 (MQ=255) aTCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTaa < 1:2753354/91‑1 (MQ=255) tCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaa > 1:3277670/1‑78 (MQ=255) ccccATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAaca < 1:1531745/91‑1 (MQ=255) cccATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAacac < 1:240149/91‑1 (MQ=255) cccATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAacac < 2:1364182/91‑1 (MQ=255) ccATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAAcaca < 1:165082/91‑1 (MQ=255) ccATAGATGTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAGATATATAAACTAAAAGCATAAGTAAcaca < 2:3375758/91‑1 (MQ=255) aGATTTCTTCATAGTCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCaa > 2:3300140/1‑91 (MQ=255) aGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATAAATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCaa < 2:3257253/91‑1 (MQ=255) gATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCaaa > 2:2956617/1‑91 (MQ=255) aTTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCaaaa < 1:71860/91‑1 (MQ=255) tcttcATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAAtt > 2:857012/1‑91 (MQ=255) | CTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTG > USA300TCH1516_ALE/1928228‑1928408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |