New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 1945259231 (1.210)16 (0.090) 11/144 NT 6.8% intergenic (‑840/‑124) splA/USA300HOU_RS09665 Serine protease SplA/hypothetical protein
?USA300TCH1516_ALE = 1945265 229 (1.340)intergenic (‑846/‑118) splA/USA300HOU_RS09665 Serine protease SplA/hypothetical protein

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TACATCTCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTA  >  USA300TCH1516_ALE/1945169‑1945349
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                                                                                tGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTatat            <  2:2514859/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 gTTAAAAAATTATTCTattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatg           <  1:223746‑M2/91‑76 (MQ=255)
                                                                                   tAAAAAATagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatgag          <  1:79235‑M1/91‑84 (MQ=255)
                                                                                    aaaaaaTTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTc        >  1:2661166/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    aaaaaaTTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTc        <  1:2109387/91‑1 (MQ=255)
                                                                                     aaaaaTagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatgagaa        >  2:2617538‑M1/1‑6 (MQ=255)
                                                                                      aaaaTagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagatcgttgatgagaat       <  1:2985185‑M1/91‑87 (MQ=255)
                                                                                        aaTagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatgagaattt     <  2:1654445‑M1/91‑89 (MQ=255)
                                                                                        aaTagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatgagaattt     >  1:3656862‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                                                                        aaTTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTg    <  2:3494405/91‑1 (MQ=255)
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                                                                                         attattCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGt   >  2:483251/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          tagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatgagaattttg   >  1:2387813‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                                                                          tagaataattttttaacatagttttgttgttttgaattataaaaactaaagtaaaaatgttggatgtgaaagattgttgatgagaattttg   >  2:1156971‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                           
TACATCTCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTA  >  USA300TCH1516_ALE/1945169‑1945349

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.