New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1945259 | 231 (1.210) | 16 (0.090) | 11/144 | NT | 6.8% | intergenic (‑840/‑124) | splA/USA300HOU_RS09665 | Serine protease SplA/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1945265 | 229 (1.340) | intergenic (‑846/‑118) | splA/USA300HOU_RS09665 | Serine protease SplA/hypothetical protein |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
TCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTAAACGT > USA300TCH1516_ALE/1945175‑1945354 | tcAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCt > 2:1869493/1‑91 (MQ=255) tcAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCt > 1:1326685/1‑91 (MQ=255) cAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTa > 2:3089973‑M2/1‑90 (MQ=255) cAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTa < 1:928449‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTatt < 1:2083284‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTattt < 2:154221‑M2/91‑5 (MQ=255) aTTCTCATCAACGATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTatttt < 1:2985185‑M2/91‑6 (MQ=255) ttCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTattttt > 2:2617538‑M2/1‑85 (MQ=255) tctcATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTatttttt < 1:3827494‑M2/91‑8 (MQ=255) ctcATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTatttttta < 1:79235‑M2/91‑9 (MQ=255) tcatcaACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAg < 1:2182131/91‑1 (MQ=255) catcaACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGt > 1:1670522/1‑91 (MQ=255) catcaACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGt > 1:184869/1‑91 (MQ=255) catcaACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGt > 1:2045425/1‑91 (MQ=255) 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cacaTCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTaa < 1:3779073/91‑1 (MQ=255) acaTCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAAt < 2:1083143/91‑1 (MQ=255) caTCCAACGTTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATa < 2:3372437/91‑1 (MQ=255) caTCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATa > 1:746153/1‑91 (MQ=255) caTCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATa < 1:72586/91‑1 (MQ=255) caTCCAACATTATTACTTTAGTTCTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATA‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATa < 2:2962010/91‑1 (MQ=255) aTCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATAc > 1:1124624/1‑91 (MQ=255) aTCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATT‑ATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATAc < 1:2929261/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |