New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 1945259231 (1.210)16 (0.090) 11/144 NT 6.8% intergenic (‑840/‑124) splA/USA300HOU_RS09665 Serine protease SplA/hypothetical protein
?USA300TCH1516_ALE = 1945265 229 (1.340)intergenic (‑846/‑118) splA/USA300HOU_RS09665 Serine protease SplA/hypothetical protein

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                                                                          tGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTatat                 <  1:2281521/91‑1 (MQ=255)
                                                                           gTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATAtt                >  2:2249997/1‑91 (MQ=255)
                                                                            ttAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATAttt               <  1:2842044/91‑1 (MQ=255)
                                                                              aaaaaaTTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTc             >  1:2661166/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   attattCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGt        <  1:1892613/91‑1 (MQ=255)
                                                                                   attattCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGt        >  2:483251/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   attattCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGt        <  2:2932198/91‑1 (MQ=255)
                                                                                     tattCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTTATTTTTATTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTaa      >  2:2356597/1‑91 (MQ=255)
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                                                                                         tCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTATAc  >  2:821094/1‑90 (MQ=255)
                                                                                          cTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTAAACGt  <  2:2098089/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          cTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTAAACGt  <  2:906023/91‑1 (MQ=255)
                                                                                           |                                                                                         
TCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTAAACGT  >  USA300TCH1516_ALE/1945175‑1945354

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.