New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1967716 = | 166 (0.870) | 14 (0.080) | 10/146 | NT | 9.1% | intergenic (+48/+76) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1967758 = | 129 (0.740) | intergenic (+90/+34) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TTCAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAA > USA300TCH1516_ALE/1967626‑1967806 | cgattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgca > 1:1258330‑M1/91‑91 (MQ=255) cgattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgca > 1:3160409‑M1/91‑91 (MQ=255) cgaatagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtacaggtgca < 2:3446238‑M1/1‑1 (MQ=255) tCAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAAt < 2:2866262/91‑1 (MQ=255) gattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcAt < 1:1775813‑M1/2‑1 (MQ=255) aaGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGt > 1:714454/1‑91 (MQ=255) tagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTa < 1:349991‑M1/5‑1 (MQ=255) agaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTaa < 1:3833304‑M1/6‑1 (MQ=255) ttATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAAt < 1:127592/91‑1 (MQ=255) tATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATc < 1:1273800/91‑1 (MQ=255) tATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATc < 2:3602539/91‑1 (MQ=255) ttttGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑g < 2:534564/91‑1 (MQ=255) tttGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑Ga < 1:264300/91‑1 (MQ=255) aggtatCTATACCCAATGAACGAATAGATTCGAAGATAACTGCTATTGGTTATGCTGTGAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCg < 2:1812292/88‑1 (MQ=255) aGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCg < 1:2820617/91‑1 (MQ=255) atatCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTa < 1:3429547/91‑1 (MQ=255) atatCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTa > 2:237616/1‑91 (MQ=255) atCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATc > 2:132254/1‑91 (MQ=255) atCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGAAGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATc > 2:3832677/1‑91 (MQ=255) cTATAGCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCAATGGTTATGCTGTTTACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt < 1:3614823/91‑1 (MQ=255) cTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt < 1:1848168/91‑1 (MQ=255) cTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt < 1:2371764/91‑1 (MQ=255) cTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt > 1:905709/1‑91 (MQ=255) cTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt > 2:2121296/1‑91 (MQ=255) cTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCCGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt > 2:3404661/1‑91 (MQ=255) tataCCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAtt > 2:717578/1‑91 (MQ=255) tataCCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAtt > 2:2753988/1‑91 (MQ=255) tataCCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAtt > 2:320969/1‑91 (MQ=255) tataCCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAtt > 2:3781510/1‑91 (MQ=255) tataCCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAtt < 2:663428/91‑1 (MQ=255) cccAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGc < 1:2553721/91‑1 (MQ=255) cccAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGc < 2:1103500/91‑1 (MQ=255) cccAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGc < 2:3559256/91‑1 (MQ=255) cccAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGc < 1:624750/91‑1 (MQ=255) aatatcaggaaacaatattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATGTTGAACGCCGTATCATTTgg > 2:1219612‑M1/64‑91 (MQ=255) ccAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCg > 2:2613211/1‑91 (MQ=255) ccAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCg < 2:948827/91‑1 (MQ=255) atatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCg > 1:1645159‑M1/63‑91 (MQ=255) atatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCg > 1:1515559‑M1/63‑91 (MQ=255) cAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGt < 1:3103402/91‑1 (MQ=255) cAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGt < 2:692426/91‑1 (MQ=255) aTAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTc > 1:3864009/1‑91 (MQ=255) aTAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTc < 2:2564967/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCa < 1:2977639/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCa < 1:1287009/91‑1 (MQ=255) aaaaGAATAGATTCGAAGAAAACTGCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCaa < 2:2180495/91‑1 (MQ=255) aaaGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAAc < 2:85255/91‑1 (MQ=255) aaaGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAAc < 1:1167587/91‑1 (MQ=255) gaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACa > 1:91199‑M1/56‑91 (MQ=255) aaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAt > 1:3084539‑M1/55‑91 (MQ=255) aGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAt > 2:2466538/1‑91 (MQ=255) aGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAt < 1:1750317/91‑1 (MQ=255) aGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAt < 1:1179615/91‑1 (MQ=255) aacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAtt > 2:904482‑M1/54‑91 (MQ=255) aTAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTAc > 2:2207728/1‑91 (MQ=255) tggATGCGAAGAAAACTTCCATTGGGTATGCTGGTAACGGGTAGATGCTAATGTAATCT‑GACCGACGTATCATTTGGCGTTCAACATTACa < 2:3237718/89‑1 (MQ=255) tAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACa < 2:1880072/91‑1 (MQ=255) gATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATg < 2:1114281/91‑1 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa > 2:201731/1‑91 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa > 2:2073919/1‑91 (MQ=255) tCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCAc > 1:247483/1‑91 (MQ=255) tCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCAc > 2:3514733/1‑91 (MQ=255) 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tCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacata > 2:3757775/1‑91 (MQ=255) aTTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacatacat > 2:3731163/1‑91 (MQ=255) aTTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacatacat > 1:1956498/1‑91 (MQ=255) ttGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAGTACATGCACCTTTACAACATACATg < 2:2652353/91‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCaa < 1:51789/91‑1 (MQ=255) aTGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATg < 2:3302951/91‑1 (MQ=255) tGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTCTCATTTAGCGTTCAACATTACATGCTGCTTTACAACATACATGCCAATgg > 2:3611330/1‑91 (MQ=255) tGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATgg > 2:717195/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |