New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1967716 = | 166 (0.870) | 14 (0.080) | 10/146 | NT | 9.1% | intergenic (+48/+76) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1967758 = | 129 (0.740) | intergenic (+90/+34) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCGT > USA300TCH1516_ALE/1967668‑1967848 | gATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATg < 2:1114310/91‑1 (MQ=255) gATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATg < 1:2511550/91‑1 (MQ=255) gATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATg < 2:3141930/91‑1 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa < 2:821528/91‑1 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa > 2:201731/1‑91 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa < 1:2414581/91‑1 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa < 2:3115640/91‑1 (MQ=255) tCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCAc < 2:695563/91‑1 (MQ=255) cGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCAcc > 1:3509752/1‑91 (MQ=255) cGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCAcc < 1:1845708/91‑1 (MQ=255) aaaaCTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTac < 1:3239428/91‑1 (MQ=255) aaCTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTacaa < 2:1918625/91‑1 (MQ=255) aaCTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTacaa < 2:2588168/91‑1 (MQ=255) ttCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacat < 1:387652/91‑1 (MQ=255) ttCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacat < 1:1139680/91‑1 (MQ=255) tCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacata < 1:3772386/91‑1 (MQ=255) tCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacata > 2:3757411/1‑91 (MQ=255) cATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGTACCTTTACAacataca > 1:1623229/1‑91 (MQ=255) aTTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAacatacat > 1:1956498/1‑91 (MQ=255) ttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATg > 1:3505613‑M1/30‑91 (MQ=255) ttGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAGTACATGCACCTTTACAACATACATg < 2:2652353/91‑1 (MQ=255) tATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAAt < 2:327389/91‑1 (MQ=255) aTGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATg < 2:3303269/91‑1 (MQ=255) aTGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATg < 2:552994/91‑1 (MQ=255) tGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTCTCATTTAGCGTTCAACATTACATGCTGCTTTACAACATACATGCCAATgg > 2:3611330/1‑91 (MQ=255) tGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATgg > 2:3798582/1‑91 (MQ=255) tGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATgg > 2:717230/1‑91 (MQ=255) tGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATgg < 2:3512806/91‑1 (MQ=255) gCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGa < 1:484056/91‑1 (MQ=255) ttAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGtt > 2:3776219/1‑91 (MQ=255) ttAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGtt < 1:3793234/91‑1 (MQ=255) ttAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGtt > 1:432083/1‑91 (MQ=255) aaCGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGtttt < 2:1114244/91‑1 (MQ=255) aCGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGttttt > 1:3455005/1‑91 (MQ=255) aCGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGttttt > 1:2995090/1‑91 (MQ=255) cGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGtttttt < 2:2388427/91‑1 (MQ=255) tataGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAg < 2:2390608/91‑1 (MQ=255) tataGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAg > 2:1272803/1‑91 (MQ=255) ataGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGt > 1:3659172/1‑91 (MQ=255) taGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGtc < 2:2693853/91‑1 (MQ=255) aGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGtct > 2:296278/1‑91 (MQ=255) gATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGtctc > 2:2811105/1‑91 (MQ=255) tGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGt > 2:777786/1‑91 (MQ=255) tGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGt < 2:2119739/91‑1 (MQ=255) tGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGt > 2:3072684/1‑91 (MQ=255) tGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGt > 2:1118944/1‑91 (MQ=255) cTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGtaa < 1:3543649/91‑1 (MQ=255) cTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGtaa > 2:1213631/1‑91 (MQ=255) cTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGtaa < 1:1533041/91‑1 (MQ=255) tAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGtaat < 1:2310705/91‑1 (MQ=255) aaTGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGtaata > 2:1803534/1‑91 (MQ=255) aaTGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGtaata < 1:1542878/91‑1 (MQ=255) tgtaatgttgaacgccaaatgatacggcgttcagattacatGCACCTTTTCAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTaataat > 2:3416810‑M2/42‑91 (MQ=255) TGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTaataat > 1:1211204‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTaataat > 1:2356249‑M1/1‑91 (MQ=255) GTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATg < 1:665084‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGt > 1:3849105‑M1/1‑91 (MQ=255) aatgttgaacgccaaatgatacggcgttcagattacatGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGtt > 2:904482‑M2/39‑91 (MQ=255) atgttgaacgccaaatgatacggcgttcagattacatGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGttt > 1:3084539‑M2/38‑91 (MQ=255) ATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGttt < 2:2459373‑M1/91‑1 (MQ=255) tgttgaacgccaaatgatacggcgttcagattacatGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTc > 1:91199‑M2/37‑91 (MQ=255) gttgaacgccaaatgatacggcgttcagattacatGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTcc > 2:1561447‑M2/36‑91 (MQ=255) gttgaacgccaaatgatacggcgttcagattacatGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTcc > 1:1439539‑M2/36‑91 (MQ=255) cTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTcc > 2:2354470/1‑91 (MQ=255) tGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCt > 2:1775813/1‑91 (MQ=255) gAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTg > 1:1997638/1‑91 (MQ=255) gAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTg > 2:28762/1‑91 (MQ=255) aaCGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGa < 2:714565/91‑1 (MQ=255) aCGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGat > 2:985246/1‑91 (MQ=255) cGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGata < 1:717195/91‑1 (MQ=255) 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tATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATACTTCa < 1:2771020/91‑1 (MQ=255) tCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAAc > 2:351746/1‑91 (MQ=255) aTTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACtt < 1:1167613/91‑1 (MQ=255) tttGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACttt < 1:1068458/91‑1 (MQ=255) ttGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACtttt > 2:2284434/1‑91 (MQ=255) ggCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTta < 1:1844464/91‑1 (MQ=255) cGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTtaat < 2:2322978/91‑1 (MQ=255) cGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTtaat > 2:2588990/1‑91 (MQ=255) 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atGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATc < 1:1775813‑M2/89‑1 (MQ=255) tGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCg > 1:1258330‑M2/2‑91 (MQ=255) tGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCg > 1:734148‑M2/2‑91 (MQ=255) tGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCg > 1:3160409‑M2/2‑91 (MQ=255) tGCACCTGTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTATTCg < 2:3446238‑M2/90‑1 (MQ=255) gCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCGt > 2:2282238/1‑91 (MQ=255) | GATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCTGAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCGT > USA300TCH1516_ALE/1967668‑1967848 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |