| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1980867 = | 134 (0.700) | 19 (0.110) | 13/140 | NT | 15.0% | intergenic (‑109/+70) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1980913 = | 98 (0.590) | intergenic (‑155/+24) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1980777‑1980957 | acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 2:1378361‑M1/1‑91 (MQ=255)acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA < 2:3034637‑M1/91‑1 (MQ=255)acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA < 1:1696319‑M1/91‑1 (MQ=255)acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 2:3808015‑M1/1‑91 (MQ=255) ctaaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataa > 1:1721637‑M1/90‑91 (MQ=255) taaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataa > 1:3839304‑M1/89‑90 (MQ=255) taaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataa < 2:3839304‑M1/2‑1 (MQ=255) aacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAA > 1:289972‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataaaa < 2:725835‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataaaa > 1:2216548‑M1/88‑91 (MQ=255) aaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataaaa > 2:1667826‑M1/88‑91 (MQ=255) aaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAg > 2:1288349‑M1/87‑91 (MQ=255) aaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAg < 2:2167146‑M1/5‑1 (MQ=255) atgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCg < 2:2566958‑M1/7‑1 (MQ=255) tgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAg > 1:505903‑M1/84‑88 (MQ=255) tgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAg < 2:505903‑M1/5‑1 (MQ=255) aGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTATTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:522614‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:916006‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:2167146‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:438122‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGAT < 2:2289671‑M1/91‑1 (MQ=255) tATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGc < 2:2856520/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |