New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2121137 = | 220 (1.150) | 15 (0.080) | 11/152 | NT | 7.2% | intergenic (‑63/+32) | USA300HOU_RS10790/USA300HOU_RS10795 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2121165 = | 180 (1.000) | intergenic (‑91/+4) | USA300HOU_RS10790/USA300HOU_RS10795 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GAGTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTG > USA300TCH1516_ALE/2121047‑2121227 | tgtacttcactacagcgtggtcaattgcaggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaa < 1:2735496‑M1/1‑1 (MQ=255) gAGTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCa < 2:2328779/91‑1 (MQ=255) gtacttcactacagcgtggtcaattgcaggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaAc < 1:190350‑M1/2‑1 (MQ=255) gtacttcactacagcgtggtcaattgcaggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaAc < 1:1819885‑M1/2‑1 (MQ=255) aGTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCAc < 1:1218575/91‑1 (MQ=255) tacttcactacagcgtggtcaattgcaggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACt < 1:954145‑M1/3‑1 (MQ=255) gTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACt > 1:904429/1‑91 (MQ=255) gTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACt > 1:2512074/1‑91 (MQ=255) gTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACt < 2:1649890/91‑1 (MQ=255) gTCATATCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACt > 2:2115519/1‑91 (MQ=255) acttcactacagcgtggtcaattgcaggattcgcaagcattggaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTg > 1:371160‑M1/88‑91 (MQ=255) atatCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGtt < 2:748669/91‑1 (MQ=255) atatCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGtt < 2:31225/91‑1 (MQ=255) atCTTTATAATTTTTAGTCATGGTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTAc > 2:3269569/1‑91 (MQ=255) 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gACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttttt < 1:1066242/91‑1 (MQ=255) gACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAAGTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttttt > 2:3199035/1‑91 (MQ=255) aCTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAATTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttttt < 2:3482304/91‑1 (MQ=255) aCTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttttt < 2:87354/91‑1 (MQ=255) ttCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAt < 1:3123771/91‑1 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 1:1748466/91‑1 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 2:531363/91‑1 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 1:3452531/91‑1 (MQ=255) aagcattggaacattcatatactacaaagaattcttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTTGCAGTTTTTTTAttc > 1:3305900‑M1/54‑91 (MQ=255) ctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttct > 1:453965/1‑91 (MQ=255) tGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATa > 2:1585075/1‑91 (MQ=255) gTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 2:2486653/91‑1 (MQ=255) gTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 2:3765668/91‑1 (MQ=255) gTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 2:3735843/91‑1 (MQ=255) tttCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaaa < 2:1561704/91‑1 (MQ=255) ttCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaaaa < 1:490645/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |