New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2121137 = | 220 (1.150) | 15 (0.080) | 11/152 | NT | 7.2% | intergenic (‑63/+32) | USA300HOU_RS10790/USA300HOU_RS10795 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2121165 = | 180 (1.000) | intergenic (‑91/+4) | USA300HOU_RS10790/USA300HOU_RS10795 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAGTACAG > USA300TCH1516_ALE/2121076‑2121255 | ttGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttt < 2:3022171/91‑1 (MQ=255) ttGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttt < 1:644398/91‑1 (MQ=255) ttGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttt < 1:1685143/91‑1 (MQ=255) tGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttt < 1:1141091/91‑1 (MQ=255) tGAATTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttt < 1:3006670/91‑1 (MQ=255) ttcgcaagtatcgcaacattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttttt > 2:315656‑M1/59‑91 (MQ=255) gACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGtttttt < 1:1066242/91‑1 (MQ=255) aCTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAATTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttttt < 2:3482304/91‑1 (MQ=255) aCTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttttt < 2:87354/91‑1 (MQ=255) aCTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGttttttt > 1:2931174/1‑91 (MQ=255) cTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTa > 2:3173986/1‑91 (MQ=255) tcctccTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAtt > 1:1164656/1‑91 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttt > 2:2456586/1‑90 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 1:3452531/91‑1 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 2:531363/91‑1 (MQ=255) cctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttc < 1:2260371/91‑1 (MQ=255) ctcctTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTAttct > 1:453965/1‑91 (MQ=255) tGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATa < 2:1287262/91‑1 (MQ=255) tGTTTCGTTTTATAGTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCTCTTTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCAtt < 2:266586/91‑2 (MQ=25) gTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 2:3760763/91‑1 (MQ=255) gTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaa < 1:1562002/91‑1 (MQ=255) tttCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaaa < 2:1561855/91‑1 (MQ=255) ttCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATaaaa > 2:3086776/1‑91 (MQ=255) tCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGATTGTCACTGTTACATGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCACAAAAg > 1:3616188/1‑91 (MQ=255) acattcatatactacaaagaatacttttatgaagaataaaaaaACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAg > 2:117765‑M1/44‑91 (MQ=255) cGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGt > 1:368081/1‑91 (MQ=255) cGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGt > 2:1929066/1‑91 (MQ=255) cGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGt > 2:1929492/1‑91 (MQ=255) gTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTa < 2:1178175/91‑1 (MQ=255) gTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTa < 2:3270840/91‑1 (MQ=255) gTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTa < 1:3076287/91‑1 (MQ=255) gTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTa < 2:2380977/91‑1 (MQ=255) ttttATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTAt < 1:1224057/91‑1 (MQ=255) ttttATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTAt < 2:3768891/91‑1 (MQ=255) tataTTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCt > 1:2483390/1‑91 (MQ=255) tatTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCttt < 1:2257405/91‑1 (MQ=255) atTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTg < 1:1824135/91‑1 (MQ=255) gAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCTCTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtag < 2:2880677/91‑1 (MQ=255) gAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtag < 2:860623/91‑1 (MQ=255) gAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtag < 2:831503/91‑1 (MQ=255) gAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtag > 2:2746437/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTATCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTgtagt < 1:3286554/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtat < 1:2674566/91‑1 (MQ=255) aTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtata < 1:3372300/91‑1 (MQ=255) aTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtata < 1:2080290/91‑1 (MQ=255) aTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtata < 2:3442933/91‑1 (MQ=255) aTGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGtata < 1:129138/91‑1 (MQ=255) agaatacttttatgaagaataaaaaaactgctacttgcgtcaacaagtaacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTatat > 1:724839‑M2/55‑91 (MQ=255) aattaattTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGa > 1:1552174/1‑91 (MQ=255) attaattTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGaa > 2:910509/1‑91 (MQ=255) attTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGtt > 2:3575022/1‑91 (MQ=255) ttttGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTc < 1:219794/91‑1 (MQ=255) ttttGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTc < 2:2682555/91‑1 (MQ=255) tttcGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAAAGTTc < 1:3063801/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaaactgctacttgcgtcaacaagtaacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGa > 1:474317‑M2/35‑91 (MQ=255) ttGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGaa < 2:691374/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGaa < 2:425229/91‑1 (MQ=255) aaaaaactgctacttgcgtcaacaagtaacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGaa > 1:218360‑M2/34‑91 (MQ=255) gTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATc < 1:2450545/91‑1 (MQ=255) gTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATc < 1:3828413/91‑1 (MQ=255) aaaactgctacttgcgtcaacaagtaacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATc > 1:1414759‑M2/32‑91 (MQ=255) aaaactgctacttgcgtcaacaagtaacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATc > 1:557331‑M2/32‑91 (MQ=255) tCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTTTTTATATAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATcc > 2:1802457/1‑91 (MQ=255) tCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATcc < 1:1585075/91‑1 (MQ=255) actgctacttgcgtcaacaagtaacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTg > 1:2571131‑M2/29‑91 (MQ=255) ACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTg < 2:1347500‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTg > 2:2951612‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCaa < 1:1456854‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCaa > 1:2757870‑M1/1‑91 (MQ=255) ttACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAAt > 1:2810635/1‑91 (MQ=255) 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taacagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGa > 1:1784513‑M2/8‑91 (MQ=255) gCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAg < 1:684019/91‑1 (MQ=255) cagtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAGt > 1:371160‑M2/5‑91 (MQ=255) gtTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAGTAc < 1:190350‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAGTACa < 2:2805638‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAGTACa > 2:1561561‑M2/2‑91 (MQ=255) | GTTGACTTCCTCCTTGTTTCGTTTTATATTGAAAATGAATTAATTTTGTTAATCGTTTGTCACTGTTACTTGTTGACGCAAGTAGCAGTTTTTTTATTCTTCATAAAAGTATTCTTTGTAGTATATGAATGTTCCAATGCTTGCGAATCCTGCAATTGACCACGCTGTAGTGAAGTACAG > USA300TCH1516_ALE/2121076‑2121255 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |