| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2218211 = | 208 (1.090) | 16 (0.110) | 11/124 | NT | 10.4% | intergenic (+4/+55) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2218261 = | 116 (0.790) | intergenic (+54/+5) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACATTAAATCTTTGAATGTTTTTTTTGTTTTATTTTACATCTTGAATTGCAAATGTAAGTTCACA > USA300TCH1516_ALE/2218121‑2218301 | ggATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGAATGAAAAATTAGAAGAGtaaaata < 1:3167807/91‑1 (MQ=255)aggtaaatgtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttgcatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaa > 2:3450313‑M1/91‑91 (MQ=255)aggtaaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaa < 1:3823606‑M1/1‑1 (MQ=255) ggtaaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaaa > 2:2933578‑M1/90‑91 (MQ=255) gATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGtaaaataa < 1:3534093/91‑1 (MQ=255) gtaaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaaaa < 2:9262‑M1/3‑1 (MQ=255) 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tgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACATTCaa > 1:3035256‑M1/79‑91 (MQ=255) gctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACATTCaaa < 1:1295519‑M1/14‑1 (MQ=255) gaaTTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGa < 1:3800775/91‑1 (MQ=255) aaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACATTCAAAGAt < 2:3862861‑M1/17‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGAtt > 2:3795091/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTa > 1:3336868/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTa > 2:743443/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAATGATTAt < 1:3020578/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |