New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245371 | 175 (0.920) | 32 (0.190) | 16/144 | NT | 16.7% | intergenic (‑230/+106) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2245389 | 163 (0.950) | intergenic (‑248/+88) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTAA > USA300TCH1516_ALE/2245281‑2245461 | tACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctc < 1:1707041/91‑1 (MQ=255) tACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctc > 2:3789096/1‑91 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct < 1:269533/91‑1 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 1:3809160/91‑1 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTAAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 2:2302738/91‑1 (MQ=255) gCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTcac < 1:3198853/91‑1 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt > 2:127709/1‑91 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt > 2:1609316/1‑91 (MQ=255) cTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtg < 1:1311191‑M1/91‑16 (MQ=255) cTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGt < 1:204073/91‑1 (MQ=255) aTGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgag < 2:801547‑M1/91‑18 (MQ=255) aTGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgag < 2:1201951‑M1/91‑18 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagagg < 1:2024928‑M1/91‑21 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagaggg < 1:451511‑M1/91‑22 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTATTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacaaaatttgtgagaggg < 2:2600188‑M1/91‑22 (MQ=255) tatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagaggga < 2:391841‑M1/91‑23 (MQ=255) atCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggag > 2:3370885‑M2/1‑86 (MQ=255) atCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggag < 2:1011039‑M2/91‑6 (MQ=255) tCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagc < 1:1552160‑M1/91‑25 (MQ=255) tCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAAGTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagt > 2:2991184‑M2/1‑85 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcg > 2:933713‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 2:2019251‑M2/1‑83 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |