| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245371 | 175 (0.920) | 32 (0.190) | 16/144 | NT | 16.7% | intergenic (‑230/+106) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245389 | 163 (0.950) | intergenic (‑248/+88) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta | |||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTAAAAGTCAAACAAAAAATTA > USA300TCH1516_ALE/2245299‑2245479 | tGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAg > 2:102435/1‑91 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGggg < 1:3030751‑M2/91‑4 (MQ=255) tCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAAGTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagt > 2:2991184‑M2/1‑85 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcg > 2:2018234‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 1:731241‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 2:2316272‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 1:1577613‑M2/1‑83 (MQ=255) tttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGta < 1:194907/91‑1 (MQ=255) ttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtat > 2:728853/1‑91 (MQ=255) aCAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaa > 1:3497569/1‑91 (MQ=255) aCAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaa < 1:1370129/91‑1 (MQ=255) cAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaaa > 1:2665083/1‑91 (MQ=255) cAACTTTGAGTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATGAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACTAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaaa < 2:2325100/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAt > 1:1839821/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAtt > 2:1426717/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAtt > 1:1018108/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATac > 2:930838/1‑91 (MQ=255) tttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATaca > 2:3243376/1‑91 (MQ=255) tttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATaca > 1:3793803/1‑91 (MQ=255) tttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATaca > 2:939942/1‑91 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATacac < 2:1818366/91‑1 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATacac < 2:2064799/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgt > 1:919584/1‑91 (MQ=255) ttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgt < 1:2750520/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgt > 2:2439209/1‑91 (MQ=255) ttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgt < 1:396413/91‑1 (MQ=255) gCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtgt < 2:1485971/91‑1 (MQ=255) cGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTc > 1:957113/1‑91 (MQ=255) cGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTc < 1:949637/91‑1 (MQ=255) gTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTcc < 1:2731860/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |