| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256409 | 114 (0.600) | 28 (0.180) | 13/132 | NT | 21.1% | intergenic (+62/+59) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 116 (0.740) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2256319‑2256499 | tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 2:1759541‑M1/91‑1 (MQ=255) gAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTc < 1:3516664/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:1436273/1‑91 (MQ=255) cGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGc > 2:3557735/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 2:682280/91‑1 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatac < 2:1642772‑M1/91‑13 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:136980‑M1/60‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 2:2753582‑M1/59‑91 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAACAGCCAACCCATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:1826148/1‑91 (MQ=255) taattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 2:1389350‑M1/57‑91 (MQ=255) taattggatgtgtaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataagataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 2:2954443‑M1/57‑91 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatg < 1:3773723‑M1/91‑23 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg < 2:2905364‑M2/91‑4 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgt < 1:660932‑M1/91‑24 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgt < 1:2390836‑M1/91‑24 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt < 2:1803115‑M2/91‑5 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt < 2:2882122‑M2/91‑5 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCGTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatgggtatacgcccagaatgt < 1:3304479‑M1/91‑24 (MQ=255) ttggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtgtg > 1:984723‑M1/54‑91 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgt < 2:2381634‑M1/91‑26 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgt > 1:747903‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgtt < 1:2640423‑M1/91‑27 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgtt < 1:1919631‑M2/91‑8 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgtt < 1:2849137‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttg < 2:1492559‑M1/91‑28 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttg < 2:2165854‑M1/91‑28 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct > 2:2556297‑M2/1‑80 (MQ=255) aTTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggcttt > 2:1308630‑M2/1‑78 (MQ=255) aaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattt > 1:674619/1‑91 (MQ=255) aTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagt < 1:2094921‑M2/91‑20 (MQ=255) aTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattta < 2:250204/91‑1 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:3428705/1‑91 (MQ=255) gACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTatat < 1:295698/91‑1 (MQ=255) gACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTatat > 2:1862832/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:2835951/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:337076/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:3466665/91‑1 (MQ=255) ttAATTACTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATattatt > 1:3016908/1‑91 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCCTTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta > 2:3275920/1‑91 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 1:1774624/91‑1 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 1:1605203/91‑1 (MQ=255) gctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc > 1:2573748‑M1/31‑91 (MQ=255) aaTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc < 1:1087718/91‑1 (MQ=255) aaTTCCTCTTTGACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc < 2:302488/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACt < 1:2071614/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACt < 2:524453/91‑1 (MQ=255) ctctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATc < 1:2750760/91‑1 (MQ=255) ctTTAGCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 2:3142765/91‑1 (MQ=255) tttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGt < 2:2239533/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa < 1:705180/91‑1 (MQ=255) aCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCCTTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAt > 1:3882387/1‑91 (MQ=255) aCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAt < 2:2893317/91‑1 (MQ=255) cAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAtt < 2:3635480/91‑1 (MQ=255) aaTGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTa > 2:162972/1‑91 (MQ=255) aTGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAg > 1:890944/1‑91 (MQ=255) gCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCt > 2:387746/1‑91 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 2:1192686/1‑91 (MQ=255) aTTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa < 2:2725097/91‑1 (MQ=255) aTTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa > 1:430446/1‑91 (MQ=255) ttAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 1:589904/1‑91 (MQ=255) aaaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagta > 2:1729396/1‑91 (MQ=255) aaaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagta > 2:3686979/1‑91 (MQ=255) 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ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 2:2107431‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa > 2:875748‑M1/1‑91 (MQ=255) acaTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactc < 2:2882089‑M1/91‑88 (MQ=255) acaTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactc < 1:428159‑M1/91‑88 (MQ=255) acaTaaatggggatacgcccagaatgggttggctttttgagtttaatcgcattgttcaagagcaattaaagtcaatttaaatcagttactc > 2:2876440‑M1/1‑4 (MQ=255) acaTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgccttgttaaagagcaattaaagtcaatttacataagttactc < 2:3347627‑M2/91‑69 (MQ=255) acaTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactc < 1:345600‑M2/91‑69 (MQ=255) caTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactct < 1:1039431‑M2/91‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |