| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256409 | 114 (0.600) | 28 (0.180) | 13/132 | NT | 21.1% | intergenic (+62/+59) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 116 (0.740) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2256338‑2256518 | cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 2:663631‑M1/59‑91 (MQ=255)cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 2:1779088‑M1/59‑91 (MQ=255)cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAACAGCCAACCCATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:1826148/1‑91 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa < 2:3078842‑M2/91‑2 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:3379587‑M1/58‑91 (MQ=255) taattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 2:1389350‑M1/57‑91 (MQ=255) taattggatgtgtaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataagataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 2:2954443‑M1/57‑91 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 1:2314146‑M1/56‑91 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt < 2:2882089‑M2/91‑5 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt < 1:428159‑M2/91‑5 (MQ=255) gagTAACTGATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTGAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACCCATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt > 2:2876440‑M2/1‑87 (MQ=255) ttggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtgtg > 1:984723‑M1/54‑91 (MQ=255) gatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTg > 1:672166‑M1/51‑91 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttg > 1:544789‑M2/1‑83 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttg > 2:3291761‑M2/1‑83 (MQ=255) aCTTATTTTAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACTTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttgg > 2:3375233‑M2/1‑82 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttgg > 1:1065352‑M2/1‑82 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGACTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTCTGCGTATCCCCATCTatgtgttgg < 2:3603066‑M2/91‑10 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 1:2768254‑M2/91‑11 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct > 2:2556297‑M2/1‑80 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct < 2:1121460‑M2/91‑12 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct < 1:121628‑M2/91‑12 (MQ=255) aTTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggcttt > 2:1308630‑M2/1‑78 (MQ=255) tttAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttt < 1:3195869‑M2/91‑15 (MQ=255) tAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttat > 2:1721156/1‑91 (MQ=255) aaaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCTAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttatt < 2:2988375/91‑1 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 2:3320659/1‑91 (MQ=255) gACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCCTTTACGAGTTGGCTTTTATTTatat > 2:1863164/1‑91 (MQ=255) gACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTatat > 2:1862808/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 1:1820867/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:3655832/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatta > 2:2895569/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATattatt < 1:2657589/91‑1 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGTGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 1:655456/91‑1 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 1:1605203/91‑1 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 1:1774624/91‑1 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATCAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta > 2:149329/1‑91 (MQ=255) gctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc > 1:2573748‑M1/31‑91 (MQ=255) aaTTCCTCTTTGACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc < 2:302488/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACt < 1:2071614/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACt < 2:524453/91‑1 (MQ=255) tctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCCTTTATTTATATTATTACTTATCt > 2:593630/1‑91 (MQ=255) ctTTAGCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 2:3142765/91‑1 (MQ=255) ctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 2:2773445/91‑1 (MQ=255) tttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGt < 2:2345154/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa < 1:705180/91‑1 (MQ=255) aaCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGa < 2:2045944/91‑1 (MQ=255) aCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCCTTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAt > 1:3882387/1‑91 (MQ=255) aCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAt < 2:2892797/91‑1 (MQ=255) aaTGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTa > 2:162972/1‑91 (MQ=255) aTGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAg > 1:890514/1‑91 (MQ=255) gCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCt > 2:387746/1‑91 (MQ=255) cGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCtt < 2:3761671/91‑1 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 2:1192686/1‑91 (MQ=255) aTTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa < 1:692001/91‑1 (MQ=255) aTTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa < 2:2725097/91‑1 (MQ=255) aTTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa > 1:430446/1‑91 (MQ=255) ttAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 1:589904/1‑91 (MQ=255) aaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaa > 1:1034894/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaag > 2:770855/1‑91 (MQ=255) cTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatt < 1:124537‑M2/91‑55 (MQ=255) AAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGACTTa < 1:3002713‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTaaa > 1:3793275‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTaaa < 2:3437229‑M1/91‑1 (MQ=255) ccAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagt < 1:110543‑M2/91‑64 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa > 2:875748‑M1/1‑91 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 2:2108327‑M1/91‑1 (MQ=255) acaTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgccttgttaaagagcaattaaagtcaatttacataagttactc < 2:3347627‑M2/91‑69 (MQ=255) acaTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattacagtcaatttaaatacgttactc < 1:1931279‑M2/91‑69 (MQ=255) acaTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactc < 1:2390836‑M2/91‑69 (MQ=255) acaTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactc < 1:345851‑M2/91‑69 (MQ=255) caTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactct < 1:909605‑M2/91‑70 (MQ=255) caTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactct < 1:3773723‑M2/91‑70 (MQ=255) CATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAtt < 2:2403222‑M1/91‑1 (MQ=255) CATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAtt < 2:2649800‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctg < 1:359889‑M2/91‑71 (MQ=255) ttCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgc < 2:2844996‑M2/91‑72 (MQ=255) ttCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgc < 1:2154108‑M2/91‑72 (MQ=255) 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tCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACt < 2:3845377/91‑1 (MQ=255) ccccATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTg > 1:3342406/1‑91 (MQ=255) ccATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGAt < 2:2108611/91‑1 (MQ=255) cATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATg < 1:2905364/91‑1 (MQ=255) aTTTATGTGTTGGCTTGTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGt < 2:3700809/91‑1 (MQ=255) tATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTg > 1:2003399/1‑91 (MQ=255) | CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2256338‑2256518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |