| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2259599 | 156 (0.820) | 19 (0.110) | 9/142 | NT | 11.3% | intergenic (‑244/+428) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2259613 | 159 (0.940) | intergenic (‑258/+414) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CATTAATTTACGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACA > USA300TCH1516_ALE/2259509‑2259689 | ttAATTTACGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGa < 2:389201/91‑1 (MQ=255) tAATTTACGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATCCAGTTGGac > 2:2225506/1‑91 (MQ=255) tAATTTACGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGac > 2:1379255/1‑91 (MQ=255) tttACGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGacaca < 1:2169827/91‑1 (MQ=255) tACGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGAcacaca < 1:86770/91‑1 (MQ=255) cGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATa < 1:1276154/91‑1 (MQ=255) cGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATa > 1:1648979/1‑91 (MQ=255) cGTCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATa > 1:750604/1‑91 (MQ=255) tCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACg > 2:2071677/1‑91 (MQ=255) tCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACg > 1:1808480/1‑91 (MQ=255) tCCCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACg > 1:2440932/1‑91 (MQ=255) ccAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAg > 1:1784289/1‑91 (MQ=255) cAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGctcgtatgtgtgtcc < 2:3490984‑M1/91‑16 (MQ=255) tacCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaa > 1:1457505‑M2/2‑88 (MQ=255) aCCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGctcgtatgtgtgtccaac < 2:474923‑M1/91‑19 (MQ=255) aCCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaac > 2:504046‑M2/1‑87 (MQ=255) cccTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaact > 1:674384‑M2/1‑86 (MQ=255) ccTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGctcgtatgtgtgtccaactg < 1:2646206‑M1/91‑21 (MQ=255) ccTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactg > 1:2492633‑M2/1‑85 (MQ=255) ccTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactg > 1:3577136‑M2/1‑85 (MQ=255) ccTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactg > 1:178185‑M2/1‑85 (MQ=255) ttATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGctcgtatgtgtgtccaactgta < 1:2465994‑M1/91‑23 (MQ=255) 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aCTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAAt < 2:649575/91‑1 (MQ=255) cTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATc < 2:1927560/91‑1 (MQ=255) cTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATc < 2:2548724/91‑1 (MQ=255) cTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATc < 1:2071677/91‑1 (MQ=255) ttCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCa > 2:2444099/1‑91 (MQ=255) ttCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCa > 2:356851/1‑91 (MQ=255) tCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAg < 2:1054611/91‑1 (MQ=255) cTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGt > 2:2575010/1‑91 (MQ=255) cTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGt < 2:3038011/91‑1 (MQ=255) agtaagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGtttt > 1:1111540/1‑91 (MQ=255) gtaagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTc > 1:2297505/1‑91 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 2:3763485/91‑1 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 1:3337345/91‑1 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 2:2632064/91‑1 (MQ=255) gtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtata < 1:1355716/91‑1 (MQ=255) gtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtata < 1:2531290/91‑1 (MQ=255) gtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtata < 1:2790100/91‑1 (MQ=255) cGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatt < 1:53686/91‑1 (MQ=255) cGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatt > 2:2308820/1‑91 (MQ=255) cGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatt < 1:802835/91‑1 (MQ=255) gAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtattt < 1:3786179/91‑1 (MQ=255) gAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtattt < 2:690922/91‑1 (MQ=255) tttGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTttatttat < 2:1519979/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTtatttatt < 1:1118487/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |