| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2259599 | 156 (0.820) | 19 (0.110) | 9/142 | NT | 11.3% | intergenic (‑244/+428) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2259613 | 159 (0.940) | intergenic (‑258/+414) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATATTTA > USA300TCH1516_ALE/2259523‑2259703 | ccAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAg > 1:1784753/1‑91 (MQ=255) aGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGca < 1:26741‑M2/91‑3 (MQ=255) gACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaa > 2:549951‑M2/1‑88 (MQ=255) ccTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactg > 1:2372574‑M2/1‑85 (MQ=255) ttATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactgta < 2:1554496‑M2/91‑9 (MQ=255) tATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactgtat < 2:2132289‑M2/91‑10 (MQ=255) tATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactgtat < 2:2522038‑M2/91‑10 (MQ=255) aTCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGtata > 1:746859/1‑91 (MQ=255) cGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATAcc < 2:1386712/91‑1 (MQ=255) gTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCt > 1:2434686/1‑91 (MQ=255) ttCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCtttt > 1:936940/1‑91 (MQ=255) cACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTaa < 2:3310994/91‑1 (MQ=255) cACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTaa > 1:2642055/1‑91 (MQ=255) aCTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAAt < 1:901748/91‑1 (MQ=255) aCTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAAt < 2:649575/91‑1 (MQ=255) cTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATc < 1:2071677/91‑1 (MQ=255) cTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATc < 2:1927560/91‑1 (MQ=255) ttCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCa > 2:2444099/1‑91 (MQ=255) cTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGt > 2:2575010/1‑91 (MQ=255) cTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACACACGAGCAACTGTATACCTTTTACTCAGt > 2:3648603/1‑91 (MQ=255) agtaagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGtttt > 1:1111748/1‑91 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 1:3337345/91‑1 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 2:2283430/91‑1 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 2:3763485/91‑1 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt > 1:1594744/1‑91 (MQ=255) taagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCt < 2:2631988/91‑1 (MQ=255) aagtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCta < 1:2410331/91‑1 (MQ=255) agtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtat > 1:2311001/1‑91 (MQ=255) gtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtata < 1:2531290/91‑1 (MQ=255) gtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtata < 1:2790100/91‑1 (MQ=255) gtCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCtata > 1:811631/1‑91 (MQ=255) cGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatt < 1:2178851/91‑1 (MQ=255) cGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatt < 2:3232124/91‑1 (MQ=255) gAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtattt < 1:596596/91‑1 (MQ=255) aaCTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatttt > 1:824449/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTAtatttta < 2:3754561/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTtatttatt < 1:1118487/91‑1 (MQ=255) tttACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTatat < 1:569901/91‑1 (MQ=255) tttACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTatat < 2:943104/91‑1 (MQ=255) ttACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATc < 2:429734/91‑1 (MQ=255) ttACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATc < 1:3580971/91‑1 (MQ=255) ttACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATc < 2:814002/91‑1 (MQ=255) ttACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATc < 2:1611310/91‑1 (MQ=255) acaacaAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTg > 2:1269457/1‑91 (MQ=255) aacaaGTGCGACTCTAAATACAGATGGACACACATACGAGCAACTGCATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTc > 1:3071535/1‑91 (MQ=255) gCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGt > 1:177550/1‑83 (MQ=255) gCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGt < 2:177550/83‑1 (MQ=255) gCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGa > 1:178370/1‑91 (MQ=255) gCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGa > 1:1332433/1‑91 (MQ=255) gCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGa < 1:1379255/91‑1 (MQ=255) gCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGa > 2:2310178/1‑91 (MQ=255) cGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGAt < 1:305130/91‑1 (MQ=255) cGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGAt > 1:500140/1‑91 (MQ=255) gACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATa > 2:310945/1‑91 (MQ=255) gACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATa < 2:266636/91‑1 (MQ=255) gACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATa > 1:10127/1‑91 (MQ=255) aCTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATaa < 2:1939332/91‑1 (MQ=255) ctctAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATaaa > 1:3332736/1‑91 (MQ=255) ctAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaaaatagttcgacttacttagaagtgaaaac < 1:3662008‑M2/91‑65 (MQ=255) tAAATACAGTTGGACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaaaatagttcgacttacttagaagtgaaaacg < 1:328701‑M2/91‑66 (MQ=255) aaaTACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAAtt < 1:1486814/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAAtt < 1:3818120/91‑1 (MQ=255) tACAGTTGGACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaacatagttcgacttacttagaagtgaaaacgataa < 1:3174568‑M2/91‑70 (MQ=255) tACAGTTGGACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaaaatagttcgacttacttagaagtgaaaacgataa < 1:2465994‑M2/91‑70 (MQ=255) tACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGtt < 1:1888993/91‑1 (MQ=255) tACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGtt < 1:3763232/91‑1 (MQ=255) tACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGtt < 2:851458/91‑1 (MQ=255) tACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGtt < 2:1808480/91‑1 (MQ=255) cAGTTGGACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaaaatagttcgacttacttagaagtgaaaacgataagg < 2:361863‑M2/91‑72 (MQ=255) cAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTAc > 2:124976/1‑91 (MQ=255) cAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTAc < 2:596774/91‑1 (MQ=255) cAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTAc < 1:290661/91‑1 (MQ=255) cAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTAc > 1:1160959/1‑91 (MQ=255) cAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACATTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTAc < 1:3106235/91‑1 (MQ=255) gTTGGACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaaaatagttcgacttacttagaagtgaaaacgataagggt < 2:474924‑M2/91‑74 (MQ=255) gTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACaa < 1:3436771/91‑1 (MQ=255) gTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACaa < 1:2709853/91‑1 (MQ=255) ttGGACACACATGCGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTAGaaa > 1:2998551/1‑91 (MQ=255) ttGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACaaa > 2:1161656/1‑91 (MQ=255) ggACACACATACGAGcaactgtatttagagtcgcacttgttgtaaagcaaaatagttcgacttacttagaagtgaaaacgataagggtctg < 2:3490984‑M2/91‑77 (MQ=255) ggACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACa > 2:1676401/1‑91 (MQ=255) ggACACACATACGAGCAACCGTATACCTTTTAATCAGTCCTCTATATTTTATTCATTACATCTGCCTTCATGATCAAAATTGTTACAAACa > 2:3819306/1‑91 (MQ=255) gACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAg < 1:9984/91‑1 (MQ=255) acacaTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGttt < 1:216360/91‑1 (MQ=255) cacaTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTa < 2:3521635/91‑1 (MQ=255) cacaTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTa > 1:248713/1‑91 (MQ=255) cacaTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTa > 2:2892342/1‑91 (MQ=255) acaTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTaa > 1:2337689/1‑91 (MQ=255) aTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACa < 2:195936/91‑1 (MQ=255) aTACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACa > 1:300436/1‑91 (MQ=255) aCGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACata > 2:2055132/1‑91 (MQ=255) aCGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACata < 2:1374240/91‑1 (MQ=255) aCGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACata > 1:3550159/1‑91 (MQ=255) gAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATAtt < 2:1228500/91‑1 (MQ=255) gAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATAtt > 1:1028075/1‑91 (MQ=255) aGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATAttt > 1:1641094/1‑91 (MQ=255) aGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATAttt > 1:2259537/1‑91 (MQ=255) aGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATAttt > 2:2558020/1‑91 (MQ=255) aGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATAttt > 1:838490/1‑91 (MQ=255) gCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATATTTa < 2:72258/91‑1 (MQ=255) | CCAGACCCTTATCGTTTTCACTTCTAAGTAAGTCGAACTATTTTGCTTTACAACAAGTGCGACTCTAAATACAGTTGGACACACATACGAGCAACTGTATACCTTTTAATCAGTTTTCTATATTTTATTTATTATATCTGTCTTAATGATAAAAATTGTTACAAACAGTTTAACATATTTA > USA300TCH1516_ALE/2259523‑2259703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |