| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2421921 = | 155 (0.810) | 16 (0.090) | 9/146 | NT | 10.1% | intergenic (+37/+55) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2421962 = | 145 (0.840) | intergenic (+78/+14) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2421831‑2422011 | tcgtattatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaa > 1:2693034‑M1/91‑91 (MQ=255)tcgtattatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaa < 2:1959030‑M1/1‑1 (MQ=255)aaTGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGA > 1:1964136‑M1/1‑91 (MQ=255) cgtattatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaaa > 1:2485947‑M1/90‑91 (MQ=255) tgctgcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAAC < 2:2376297‑M1/91‑1 (MQ=255) attatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaAAccc < 1:1227776‑M1/5‑1 (MQ=255) ttatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaAAcccc > 2:83496‑M1/86‑91 (MQ=255) tatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaAAccccc < 1:346222‑M1/7‑1 (MQ=255) gcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC > 1:2761007‑M1/1‑91 (MQ=255) gcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC > 2:3747849‑M1/1‑91 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa < 1:2802414/91‑1 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa < 1:1394543/91‑1 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTAAAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa < 2:731152/91‑1 (MQ=255) aaTTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCat > 2:2182075/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |