| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2421921 = | 155 (0.810) | 16 (0.090) | 9/146 | NT | 10.1% | intergenic (+37/+55) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2421962 = | 145 (0.840) | intergenic (+78/+14) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGTTTGTCCAGCTGCTAATGCATTTGGCATCATTTTCATAATACGAT > USA300TCH1516_ALE/2421872‑2422052 | tGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGttt > 1:3838605/1‑91 (MQ=255)tGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGttt > 1:2711296/1‑91 (MQ=255) tCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTc < 2:3415193/91‑1 (MQ=255) cGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGCGTTTTCa > 1:1946330/1‑91 (MQ=255) taaattattatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCat > 2:454063‑M1/46‑91 (MQ=255) gTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCat < 2:1972864/91‑1 (MQ=255) ttAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCata < 1:766093/91‑1 (MQ=255) ttAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCata < 1:1053937/91‑1 (MQ=255) tAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCatat > 2:2685746/1‑91 (MQ=255) tAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCatat < 2:3343808/91‑1 (MQ=255) aaCTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAtt > 1:448779/1‑91 (MQ=255) aataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAttgttg > 1:2275822/1‑91 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATtgttgt < 2:546784/91‑1 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:268006/91‑1 (MQ=255) 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aaTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAttt < 1:3577692/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAtttt < 1:3807859/91‑1 (MQ=255) tttATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAttttt > 2:1351464/1‑91 (MQ=255) tataATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTtttctttc < 1:1370052/91‑1 (MQ=255) tataATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTtttctttc < 1:2874036/91‑1 (MQ=255) tataATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTtttctttc < 2:1004509/91‑1 (MQ=255) taataaCGTTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGa < 2:3439942/91‑1 (MQ=255) taataaCATTATAAAAACAGGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGa > 1:1486896/1‑91 (MQ=255) 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ataAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAg > 2:833274/1‑91 (MQ=255) ataAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAg > 1:634101/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGaa > 2:2155553/1‑91 (MQ=255) aaaCAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAAtt < 1:3361036/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAAtt < 1:2157454/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAAttt > 1:2432848/1‑91 (MQ=255) cAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAg < 2:1150217/91‑1 (MQ=255) aaaacccccgtatgttgaaacgagagctcaacatatgggggttCTCATAGTGTTGTATTATTATTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGtt > 2:1452411‑M2/44‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |