| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2525159 = | 214 (1.120) | 11 (0.060) | 7/148 | NT | 5.5% | coding (270/732 nt) | sirB | Sirohydrochlorin ferrochelatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2525195 = | 181 (1.030) | coding (234/732 nt) | sirB | Sirohydrochlorin ferrochelatase | |||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TGCTAATGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGTATATCCTTGAGATAATGCATTGCACTAAAGATTAGCAATGGTACAATTTTAAAATG > USA300TCH1516_ALE/2525069‑2525248 | tGCTAATGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGa < 1:3354042/91‑1 (MQ=255) cggtaatgacgacgttgattcaaagtggggttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatctcaaggatat < 1:3838923‑M1/2‑1 (MQ=255) cTAATGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATa > 2:2140503/1‑91 (MQ=255) tAATGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATAc < 2:417063/91‑1 (MQ=255) tAATGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATAc > 2:2492356/1‑91 (MQ=255) gtaatgacgacgttgattcaaagtggggttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatctcaaggatATAc < 1:1352899‑M1/4‑1 (MQ=255) aaTGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATAcc < 1:1411019/91‑1 (MQ=255) aatgacgacgttgattcaaagtggggttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatctcaaggatATACcg > 2:632372‑M1/86‑91 (MQ=255) aatgacgacgttgattcaaagtggggttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatctcaaggatATACcg < 2:2344829‑M1/6‑1 (MQ=255) aatgacgacgttgattcaaagtggggttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatctcaaggatATACcg < 1:2529254‑M1/6‑1 (MQ=255) aatgacgacgttgattcaaagtggggttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatctcaaggatATACcg < 2:2529500‑M1/6‑1 (MQ=255) tGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgt < 1:1104761/91‑1 (MQ=255) tGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgt < 1:3520362/91‑1 (MQ=255) tGCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgt > 2:1807021/1‑91 (MQ=255) gCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgtc < 1:1273401/91‑1 (MQ=255) gCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgtc > 2:701014/1‑91 (MQ=255) gCGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgtc > 2:793966/1‑91 (MQ=255) cGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGCTACcgtcg > 2:3308064/1‑91 (MQ=255) cGTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgtcg < 1:2336674/91‑1 (MQ=255) gTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgtcgt < 1:1807021/91‑1 (MQ=255) gTCACAAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACcgtcgt < 1:1515523/91‑1 (MQ=255) cacaAATACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGttt < 1:1976191/91‑1 (MQ=255) aaaTACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGtttcat > 2:2885642/1‑91 (MQ=255) aTACGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGtttcattt > 1:2024936/1‑91 (MQ=255) aCGTTGTTCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGtttcatttca < 2:2985511/91‑1 (MQ=255) gttgttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATg > 1:2117103/1‑91 (MQ=255) gttgttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATg > 2:1505501/1‑91 (MQ=255) tgttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGaa < 2:2629492/91‑1 (MQ=255) gttCGATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAGGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAAc < 2:1105517/91‑1 (MQ=255) gttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAAc > 2:887330/1‑91 (MQ=255) gttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAAc < 2:3159077/91‑1 (MQ=255) gttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAAc > 1:161564/1‑91 (MQ=255) ttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTGTACCTTTATGGCTGGATACCGTCGTTTCAGTTCATGAACg < 2:155817/91‑1 (MQ=255) ttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACg > 2:1375012/1‑91 (MQ=255) ttCAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACg < 1:1818617/91‑1 (MQ=255) cAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGat < 1:1047083/91‑1 (MQ=255) cAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGat < 1:2894802/91‑1 (MQ=255) cAATTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGat > 1:1816741/1‑91 (MQ=255) aaTTAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGata > 1:2609975/1‑91 (MQ=255) tAATCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTc < 2:3529551/91‑1 (MQ=255) ttgaccattttaaaattgtaccattgctaatctttagtgcaatgcattatatcaaggatATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCg > 2:3183978‑M1/60‑91 (MQ=255) aTCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCgg < 2:2244881/91‑1 (MQ=255) tCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGt > 2:462004/1‑91 (MQ=255) tCGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGt > 2:2066992/1‑91 (MQ=255) cGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGta > 1:2469501/1‑91 (MQ=255) cGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGta < 2:1257642/91‑1 (MQ=255) cGTCTCATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGta < 2:1096164/91‑1 (MQ=255) tctcATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGtata > 2:502582/1‑91 (MQ=255) ctcATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGTatat > 1:3863286/1‑91 (MQ=255) tcATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGTATATc > 2:3058241/1‑91 (MQ=255) cATTAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGTATATcc < 1:74999/91‑1 (MQ=255) ttAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGTATATCCtt < 1:2280211/91‑1 (MQ=255) ttAAAGGATGTGTGCCAAGTGGCTCACTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCCTTTCATGAACGCTATTCGGTATATCCtt > 2:2627196/1‑91 (MQ=255) aGGATGTGTGCCAAGTGGCTCGCTTACTTCTACCTTTATGTCTGGATACCGTCGTTTCATTTCATGAACGATATTCGGTATATCCTTgaga < 2:2958784/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |