| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577878 | 151 (0.790) | 24 (0.140) | 11/140 | NT | 14.5% | intergenic (‑599/+71) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577890 | 152 (0.910) | intergenic (‑611/+59) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CCTTTTGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATCCCTT > USA300TCH1516_ALE/2577788‑2577968 | ccTTTTGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAA > 2:2129616‑M1/1‑91 (MQ=255)ccTTTTGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAA > 2:2511783‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACa > 1:2366324/1‑91 (MQ=255) ttGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGc > 1:2591559/1‑91 (MQ=255) tGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCa < 1:2420182/91‑1 (MQ=255) tGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCa < 2:2591559/91‑1 (MQ=255) aaCATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAg < 2:1170572/91‑1 (MQ=255) aaCATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAg < 2:2438912/91‑1 (MQ=255) aCATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGc > 1:3024737/1‑91 (MQ=255) ttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttg < 2:1675805‑M1/91‑16 (MQ=255) ttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttg > 1:1026065‑M2/1‑88 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttgg < 1:2575514‑M1/91‑17 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttggt < 2:670591‑M1/91‑18 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 2:3757180‑M2/91‑6 (MQ=255) 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aTTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtc < 1:1318716‑M1/91‑40 (MQ=255) aTTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtc > 2:1318716‑M1/1‑52 (MQ=255) tCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgttg > 2:1566493/1‑91 (MQ=255) tCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgttg < 1:2253985/91‑1 (MQ=255) ccAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAACACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTCGTTTCGTGTCATCTTGTAtgttgt > 2:3598692/1‑91 (MQ=255) cAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgttgtt > 2:2221203/1‑91 (MQ=255) aCGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggc < 1:1853499‑M1/91‑46 (MQ=255) cGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGta > 2:108535/1‑91 (MQ=255) 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caacCAAtggcttatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagt < 2:3226106‑M1/91‑85 (MQ=255) caacCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagt < 1:908432‑M1/91‑85 (MQ=255) caacCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagt < 2:1245028‑M1/91‑85 (MQ=255) aaccaacAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCAt < 2:3022085/91‑1 (MQ=255) accaacAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATc > 2:2794391/1‑91 (MQ=255) acCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagtag < 2:3222294‑M1/91‑87 (MQ=255) ccaacAGCATGAGCCAttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagtaga < 1:2891742‑M2/91‑76 (MQ=255) ccaacAGCATGAGCCAttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagtaga < 1:2891727‑M2/91‑76 (MQ=255) ccaacAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATcc > 1:450324/1‑91 (MQ=255) ccAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagtaga < 1:1481522‑M1/91‑88 (MQ=255) ccAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagtaga > 2:848680‑M1/1‑4 (MQ=255) aacAGCATGAGCCAttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagtagaaa < 1:2049151‑M2/91‑78 (MQ=255) atggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggagcagaaaa > 2:3117280‑M1/1‑1 (MQ=255) acAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATCCCtt > 2:1041697/1‑91 (MQ=255) | CCTTTTGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATCCCTT > USA300TCH1516_ALE/2577788‑2577968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |