| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577878 | 151 (0.790) | 24 (0.140) | 11/140 | NT | 14.5% | intergenic (‑599/+71) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577890 | 152 (0.910) | intergenic (‑611/+59) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATCCCTTTACCTTCTAGTA > USA300TCH1516_ALE/2577800‑2577980 | aTTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCa < 2:1548479/91‑1 (MQ=255) ttttCTGCTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAt > 2:3117280‑M2/1‑90 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:848680‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg < 1:1481522‑M2/91‑5 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 2:3222294‑M2/91‑6 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 1:1631770‑M2/91‑6 (MQ=255) aCTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttg < 1:3182842‑M2/91‑8 (MQ=255) aCTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttg < 2:3600315‑M2/91‑8 (MQ=255) aCTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttg < 2:3523944‑M2/91‑8 (MQ=255) aCTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATAAGCCAttggttg < 2:3226106‑M2/91‑8 (MQ=255) tCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgtt < 1:2837989‑M2/91‑10 (MQ=255) tCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgtt > 2:2034358‑M2/1‑82 (MQ=255) tCCCAAGCCTGTAACGGAACTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgtt < 2:1213353‑M2/91‑10 (MQ=255) cccAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgttt < 1:1035572‑M2/91‑11 (MQ=255) cccAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgttt > 2:673707‑M2/1‑81 (MQ=255) ccAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTc < 1:638186/91‑1 (MQ=255) cAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCg < 1:3120318/91‑1 (MQ=255) aGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtg < 1:2958772/91‑1 (MQ=255) gCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtgt > 2:3079530/1‑91 (MQ=255) gCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtgt < 1:1579538/91‑1 (MQ=255) tGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCAt > 2:1114510/1‑91 (MQ=255) tGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTCTCGTGTCAt > 2:1010207/1‑91 (MQ=255) 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tCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgttg < 1:2253985/91‑1 (MQ=255) cGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGta > 2:108209/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGtat < 2:2304532/91‑1 (MQ=255) gTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGtat < 1:533859/91‑1 (MQ=255) gTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGtat < 1:2032906/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGtata < 1:3757180/91‑1 (MQ=255) cAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATaa < 1:785573/91‑1 (MQ=255) cAAAGAGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATaa < 2:1747537/91‑1 (MQ=255) 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acagacaCACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTc > 2:887042/1‑91 (MQ=255) cacacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaa < 2:3024737/91‑1 (MQ=255) cacacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaa < 1:2166394/91‑1 (MQ=255) cacacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaa > 1:3061209/1‑91 (MQ=255) acacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaat < 1:1085672/91‑1 (MQ=255) cacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaatt < 1:1713948/91‑1 (MQ=255) cacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaatt < 2:3597831/91‑1 (MQ=255) cacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaatt < 1:2418039/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |