| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2580412 = | 187 (0.980) | 30 (0.180) | 16/142 | NT | 17.3% | intergenic (+47/‑561) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2580445 = | 122 (0.720) | intergenic (+80/‑528) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase | |||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
AGATGCGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGG > USA300TCH1516_ALE/2580322‑2580502 | aacttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaa < 2:3473181‑M1/1‑1 (MQ=255) cttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttctaaccgattttcaaaataaaaaac < 2:3614734‑M1/3‑1 (MQ=255) aTGCGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaac > 2:2758456/1‑91 (MQ=255) ttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaacc > 2:3720815‑M1/88‑91 (MQ=255) cGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTTAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaaccaa > 2:1111557/1‑91 (MQ=255) tGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaaccaacc > 2:143328/1‑91 (MQ=255) aGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCAt < 2:2110744/91‑1 (MQ=255) aGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCAt < 1:1676189/91‑1 (MQ=255) tCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTg > 1:2475295/1‑91 (MQ=255) catagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaa > 2:1479053‑M1/79‑84 (MQ=255) catagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaa < 1:1479053‑M1/6‑1 (MQ=255) aCTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGAt > 2:643392/1‑91 (MQ=255) aCTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGAt > 1:456278/1‑91 (MQ=255) cTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGAtt < 1:388798/91‑1 (MQ=255) tAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGAttt > 1:3630683/1‑91 (MQ=255) tAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGAttt > 1:2531577/1‑91 (MQ=255) aataatGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCa > 2:314791/1‑91 (MQ=255) ataatGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCaa > 1:1708033/1‑91 (MQ=255) aatGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACa > 2:3708070/1‑91 (MQ=255) tGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATc > 2:1419969/1‑91 (MQ=255) tGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATc < 2:1260727/91‑1 (MQ=255) tGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATc > 2:1693896/1‑91 (MQ=255) tGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATc < 1:2092932/91‑1 (MQ=255) atttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCtt > 2:2583641‑M1/67‑91 (MQ=255) aaTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCtt > 1:204061/1‑91 (MQ=255) aTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttg < 2:3747262/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttg > 1:2342952/1‑91 (MQ=255) aTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttg < 2:197669/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttg < 2:33046/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttgg > 2:3205452/1‑91 (MQ=255) tCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttgg < 2:1222056/91‑1 (MQ=255) atgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCttggtt > 1:3384042‑M1/63‑91 (MQ=255) aGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttggttgg > 2:3259373/1‑91 (MQ=255) aGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttggttgg > 2:411144/1‑91 (MQ=255) tcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt > 2:71612‑M1/60‑91 (MQ=255) tcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt > 2:2840446‑M1/60‑91 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt > 2:1741276/1‑91 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:833231/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:597020/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt > 2:3856315/1‑91 (MQ=255) ccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:1718314‑M1/58‑91 (MQ=255) ccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:2328641‑M1/58‑91 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 2:1596675/1‑91 (MQ=255) cagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt > 1:165595‑M1/57‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt < 2:871911/91‑1 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt < 1:694144/91‑1 (MQ=255) tctcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttttt > 2:1383618/1‑91 (MQ=255) gcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttttt > 1:3300894‑M1/55‑91 (MQ=255) tcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttttttc > 2:2727656/1‑90 (MQ=255) tcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTa > 2:467657/1‑91 (MQ=255) cctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTa > 1:3486662‑M1/54‑91 (MQ=255) ctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt > 1:1935084‑M1/53‑91 (MQ=255) cATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt > 2:447696/1‑91 (MQ=255) cATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATCATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt > 2:3812983/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |