| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2580412 = | 187 (0.980) | 30 (0.180) | 16/142 | NT | 17.3% | intergenic (+47/‑561) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2580445 = | 122 (0.720) | intergenic (+80/‑528) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase | |||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAATCAATGTTCTATGCTCTACGAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/2580355‑2580535 | ccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 2:3103644‑M1/58‑91 (MQ=255)ccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:1718314‑M1/58‑91 (MQ=255)cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt < 1:1428376/91‑1 (MQ=255)cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 2:1596675/1‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt < 1:694144/91‑1 (MQ=255) tctcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttttt > 2:1382497/1‑91 (MQ=255) tctcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttttt < 2:273233/91‑1 (MQ=255) tctcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttttt > 2:2372077/1‑91 (MQ=255) gcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttttt > 1:3300894‑M1/55‑91 (MQ=255) tcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTa > 2:467657/1‑91 (MQ=255) tcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTa > 2:1444877/1‑91 (MQ=255) ctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt > 2:3236987‑M1/53‑91 (MQ=255) cATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt > 2:447696/1‑91 (MQ=255) aTTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAtt < 1:2846013/91‑1 (MQ=255) tAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAtttt < 1:1017226/91‑1 (MQ=255) atcatcttcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTAtttt > 1:3017413‑M2/83‑91 (MQ=255) aaaTATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTg < 2:671322/91‑1 (MQ=255) acatTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGaa < 1:2339386/89‑1 (MQ=255) ttttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAAt > 2:1359578/1‑91 (MQ=255) tttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATc < 2:3753276/91‑1 (MQ=255) tttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATc > 2:558620/1‑91 (MQ=255) ttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCACCCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCg < 1:1837167/91‑1 (MQ=255) ttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCg > 1:3255971/1‑91 (MQ=255) ttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCgg > 1:2383698‑M2/74‑91 (MQ=255) ttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCgg > 1:2383947‑M2/74‑91 (MQ=255) tAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCgg > 1:2420301/1‑91 (MQ=255) aaaaTACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGt < 2:1539266/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGt > 2:1294834/1‑91 (MQ=255) aaaTACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGtt < 1:2900187/91‑1 (MQ=255) aTACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTtat < 1:1053462/91‑1 (MQ=255) tgcAGTGCCATATATGATTTCA‑‑ACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATGGGTTataaa < 2:3832531/89‑1 (MQ=255) cAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaa < 1:1902085/91‑1 (MQ=255) cAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaa > 1:3461890/1‑91 (MQ=255) aGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaat < 2:2419433/91‑1 (MQ=255) cATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaacta < 2:3346216/91‑1 (MQ=255) tatatGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaactaac > 1:1341579/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACtaacataa > 2:2042745/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACtaacataa > 1:2864147/1‑91 (MQ=255) tttCAACACACTCACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACaa > 2:396361/1‑91 (MQ=255) ttCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAg < 1:3027752/91‑1 (MQ=255) ttCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAg > 1:981860/1‑91 (MQ=255) tCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAga > 2:2939893/1‑91 (MQ=255) acacacacacATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatga < 1:2561936/91‑1 (MQ=255) cacacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgat > 1:1673665/1‑91 (MQ=255) tatcacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatg < 1:310446/88‑1 (MQ=255) acacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatg < 1:1132883/91‑1 (MQ=255) acacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatg > 1:1541025/1‑91 (MQ=255) cacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatga < 2:515056/91‑1 (MQ=255) cacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatga > 2:589000/1‑91 (MQ=255) acacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatgat < 1:685232/91‑1 (MQ=255) ataaaaaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGGTGATCAg > 1:1935209‑M2/40‑91 (MQ=255) ataaaaaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAg > 1:1935084‑M2/40‑91 (MQ=255) taaaaaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAgg > 1:3486662‑M2/39‑91 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 2:3630683/91‑1 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 1:654114/91‑1 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 1:2264972/91‑1 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 2:1002262/91‑1 (MQ=255) aaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg > 2:3104082‑M2/35‑91 (MQ=255) aaaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg > 1:2328641‑M2/35‑91 (MQ=255) AACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTggg < 2:1978374‑M1/91‑1 (MQ=255) accaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGa > 2:71612‑M2/33‑91 (MQ=255) accaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGa > 2:1742707‑M2/33‑91 (MQ=255) 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CCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATaa > 1:524439‑M1/1‑91 (MQ=255) CCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATCTTGACAATCGGTAATAAATAACTAACATAACAAGATGCTGATCAGGCTGGGCcatca < 1:3473181‑M1/91‑3 (MQ=255) CATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATaaa > 2:2531577‑M1/1‑91 (MQ=255) aagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAAt > 2:2583641‑M2/26‑91 (MQ=255) ttGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAATc < 2:951036/91‑1 (MQ=255) tGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAATCa > 1:3618023/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAACATCTTGGTTGGTCTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAATCa > 2:361883/1‑91 (MQ=255) gatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAATCa > 2:868237‑M2/24‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |