| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2656579 | 187 (0.980) | 7 (0.040) | 5/146 | NT | 3.7% | intergenic (‑74/+4) | mhqA_3/mhqR | Putative ring‑cleaving dioxygenase MhqA/HTH‑type transcriptional regulator MhqR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2656599 | 197 (1.130) | coding (419/435 nt) | mhqR | HTH‑type transcriptional regulator MhqR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TCATGATTATTTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTT > USA300TCH1516_ALE/2656489‑2656668 | cATGATTATTTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACg > 2:832727/1‑91 (MQ=255) cATGATTATTTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACg > 1:2540530/1‑91 (MQ=255) aTGATTATTTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGc > 2:587777/1‑91 (MQ=255) gATTATTTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCt > 2:1217165/1‑91 (MQ=255) attattTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTATTGCATTTAACTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCtt > 2:3486368/1‑91 (MQ=255) attattTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCtt < 1:3317188/91‑1 (MQ=255) tatttatCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTac < 2:624580/91‑1 (MQ=255) ttatCATTTTATATACCCTCTTTATATTTGTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACt < 1:3108558/91‑1 (MQ=255) tatCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACCTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACtt > 2:321647/1‑91 (MQ=255) ttttATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTa < 2:3145126/91‑1 (MQ=255) tttATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAg > 1:1459687/1‑91 (MQ=255) atataCCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACaatctacagaagtgtaaggc < 1:2257371‑M1/91‑21 (MQ=255) atataCCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGAtt > 2:2270115/1‑91 (MQ=255) tataCCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTg < 2:952186‑M2/91‑2 (MQ=255) taCCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtg > 1:1858764‑M2/1‑88 (MQ=255) cccTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgca < 1:2342340‑M2/91‑6 (MQ=255) cccTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATAgtgca < 2:3146988‑M2/91‑6 (MQ=255) ctctTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgcact < 2:282868‑M2/91‑8 (MQ=255) tctTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgca > 2:3550892‑M2/1‑83 (MQ=255) tctTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgca < 1:3550892‑M2/88‑6 (MQ=255) tttATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATATAAATTTTTAGTGCACaatctacagaagtgtaaggcgtgcactaaa < 1:3086227‑M1/91‑31 (MQ=255) ttATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATATTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGt > 2:2701324/1‑91 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGttt > 1:2595220/1‑91 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGttt > 1:247994/1‑91 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGttt > 2:3301121/1‑91 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTCAGttt > 2:3150328/1‑91 (MQ=255) tatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTc > 2:2095333/1‑91 (MQ=255) tatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTc > 2:1879456/1‑91 (MQ=255) atTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCt > 2:2258269/1‑91 (MQ=255) atTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCt < 2:2054433/91‑1 (MQ=255) atTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCt < 1:721894/91‑1 (MQ=255) tttttAGTGCATCTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTACtt > 1:3000974/1‑91 (MQ=255) tttAGTGCATTTATCTCGAAATCGATATACTTTAATGTATATTTTTAGTGCACACCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaa < 1:3612659/91‑1 (MQ=255) tttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaa > 2:726545/1‑91 (MQ=255) ttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTTTGTAGTTTGTGCATTTAGTTTCTTcaa > 2:2707523/1‑91 (MQ=255) ttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaaa > 1:1701060/1‑91 (MQ=255) aGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACg < 2:332828/91‑1 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc > 2:2395273/1‑91 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc > 1:1281890/1‑91 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc < 1:2701075/91‑1 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc < 1:3397441/91‑1 (MQ=255) tGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCt > 2:3720057/1‑91 (MQ=255) aTTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCttgt < 2:1488988/91‑1 (MQ=255) ttATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCttgttg < 1:764603/91‑1 (MQ=255) tATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTtgttgt < 2:1099022/91‑1 (MQ=255) aTCTCGATTTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTa > 1:822735/1‑91 (MQ=255) aTCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTa < 2:2540530/91‑1 (MQ=255) aTCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTa > 1:1110951/1‑91 (MQ=255) cGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAt > 2:3116435/1‑91 (MQ=255) cGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAt > 2:3118730/1‑91 (MQ=255) cGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAt > 2:3831403/1‑91 (MQ=255) gatttCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAtt > 2:175239/5‑91 (MQ=255) gAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAtt < 1:526582/91‑1 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt > 2:2098980/1‑91 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt > 1:3414701/1‑91 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt < 1:1379391/91‑1 (MQ=255) aTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGtt < 1:2937467/91‑1 (MQ=255) tCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTa < 1:3198414/91‑1 (MQ=255) cGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTaa > 2:52684/1‑91 (MQ=255) cGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTaa < 2:1010345/91‑1 (MQ=255) gagaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTAGACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAt < 2:3053172/91‑1 (MQ=255) gagaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAt < 2:2595220/91‑1 (MQ=255) agaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAtt > 1:2203703/1‑91 (MQ=255) agaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAtt > 1:1841558/1‑91 (MQ=255) gaTACTTTCATGTACCTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGCTTGTTAATTc > 2:1111298/1‑91 (MQ=255) aTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCa > 2:1334131/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATc < 1:1329247/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATc < 1:3004626/91‑1 (MQ=255) cTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATcc < 2:2181702/91‑1 (MQ=255) tGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGtt < 1:1500215/91‑1 (MQ=255) 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gCACaatctacagaagtgtaaggcgtgcactaaaaatttacattaaagtatctcgatttcgagataaatgcactaaaaatataaagagggt > 2:677725‑M1/1‑4 (MQ=255) gCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGc > 1:2281282/1‑91 (MQ=255) cACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCt < 1:1879456/91‑1 (MQ=255) cACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCt < 2:2381420/91‑1 (MQ=255) cACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCt > 1:2653957/1‑91 (MQ=255) cACGCCTTACACTTCTGTAGATCGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTCGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCt < 2:2944319/91‑1 (MQ=255) | TCATGATTATTTATCATTTTATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTT > USA300TCH1516_ALE/2656489‑2656668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |