| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2656579 | 187 (0.980) | 7 (0.040) | 5/146 | NT | 3.7% | intergenic (‑74/+4) | mhqA_3/mhqR | Putative ring‑cleaving dioxygenase MhqA/HTH‑type transcriptional regulator MhqR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2656599 | 197 (1.130) | coding (419/435 nt) | mhqR | HTH‑type transcriptional regulator MhqR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCT > USA300TCH1516_ALE/2656509‑2656689 | tataCCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTg < 1:3004502‑M2/91‑2 (MQ=255) ccTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgcac > 2:1263626‑M2/1‑85 (MQ=255) ccTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgcac > 2:3627835‑M2/1‑85 (MQ=255) ccTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgaac > 2:1263608‑M2/1‑85 (MQ=255) tctTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgca < 1:3550892‑M2/88‑6 (MQ=255) tctTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgca > 2:3550892‑M2/1‑83 (MQ=255) ctTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTa < 1:604267/91‑1 (MQ=255) ttATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATATTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGt > 2:2701324/1‑91 (MQ=255) ttATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGt < 1:2592341/91‑1 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTTGATTGTGCACTTAGttt > 2:1335899/1‑91 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGttt > 1:247994/1‑91 (MQ=255) atatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTCAGttt > 2:3150328/1‑91 (MQ=255) tatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTc > 1:2104133/1‑91 (MQ=255) tatTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTc > 2:2095788/1‑91 (MQ=255) atTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCt < 2:2054433/91‑1 (MQ=255) ttttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTa < 2:3517707/91‑1 (MQ=255) tttAGTGCATTTATCTCGAAATCGATATACTTTAATGTATATTTTTAGTGCACACCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaa < 1:3612659/91‑1 (MQ=255) tttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaa > 1:1876008/1‑91 (MQ=255) tttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaa < 2:2388390/91‑1 (MQ=255) tttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaa > 2:726545/1‑91 (MQ=255) ttAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTaaa < 2:2507485/91‑1 (MQ=255) aGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACg < 2:332828/91‑1 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc > 1:1281890/1‑91 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc < 1:3397441/91‑1 (MQ=255) gTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGc < 1:2701192/91‑1 (MQ=255) ttATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCttgttg < 1:2309347/91‑1 (MQ=255) ttATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCttgttg < 1:2240994/91‑1 (MQ=255) aTCTCGATTTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTGTTAAACGCTTGTTGTa > 2:3718046/1‑91 (MQ=255) aTCTCGATTTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTa > 1:822735/1‑91 (MQ=255) aTCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTa > 1:1110951/1‑91 (MQ=255) cGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAt > 2:3116435/1‑91 (MQ=255) cGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAt < 2:2011285/91‑1 (MQ=255) cGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAt > 2:3118730/1‑91 (MQ=255) gatttCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAtt > 2:2087609/5‑91 (MQ=255) gatttCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGAtt > 2:2230017/5‑91 (MQ=255) atttCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTg > 1:2920282/4‑91 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTTTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt < 1:524544/91‑1 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt > 1:3414701/1‑91 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt < 2:2361800/91‑1 (MQ=255) aaTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGt < 1:1379391/91‑1 (MQ=255) aTCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGtt < 1:2937467/91‑1 (MQ=255) tCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTa < 1:2395273/91‑1 (MQ=255) tCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTa > 2:2734284/1‑91 (MQ=255) cGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTaa > 1:3020206/1‑91 (MQ=255) cGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTaa < 1:2150560/91‑1 (MQ=255) gagaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTAGACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAt < 2:3053172/91‑1 (MQ=255) agaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAtt > 1:1841558/1‑91 (MQ=255) agaTACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTCAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAAtt < 2:3217088/91‑1 (MQ=255) gaTACTTTCATGTACCTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGCTTGTTAATTc > 2:1111298/1‑91 (MQ=255) tACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCAt > 2:2259663/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATc < 1:1327993/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATc > 1:3760968/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATc < 2:3869955/91‑1 (MQ=255) cTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATcc < 2:2181702/91‑1 (MQ=255) tAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCttt > 1:1741608/1‑91 (MQ=255) tAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCttt < 1:226936/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTg > 2:3748352/1‑91 (MQ=255) aTGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGt > 2:1121289/1‑91 (MQ=255) aTGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGt < 2:3302327/91‑1 (MQ=255) tGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGtt < 1:1500215/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAac > 2:1682169/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAac < 2:3145440/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAaca > 2:1086019/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAaca > 1:2891326/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAaca > 1:349550/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAacac < 1:3770349/91‑1 (MQ=255) ttttAGTGCACGCATTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTGCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACAt < 1:3884194/91‑1 (MQ=255) tttAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTgtgcactaaaaatttatattaaagtatctcgatttcgagataaatgcactaaaaatataaa < 1:3086227‑M2/91‑62 (MQ=255) tttAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATc > 2:91051/1‑91 (MQ=255) tttAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATc < 2:1390951/91‑1 (MQ=255) tttAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATc > 1:934142/1‑91 (MQ=255) ttAGTGCACGCCTTAGACTTCTGTAGATTgtgcactaaaaatttacattaaagtatctcgatttcgagataaatgcactaaaaatataaag < 1:3300599‑M2/91‑63 (MQ=255) ttAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCa < 2:477556/91‑1 (MQ=255) aGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCaaa > 1:1401176/1‑91 (MQ=255) aGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCaaa > 2:1811465/1‑91 (MQ=255) aGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCaaa < 2:1741608/91‑1 (MQ=255) tGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACg > 1:1606646/1‑91 (MQ=255) tGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACg > 1:3807175/1‑91 (MQ=255) 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cacTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTCAACACATCAAACGCCTTCGTTaac > 2:58605/1‑90 (MQ=255) actccTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATg > 2:3177771/5‑91 (MQ=255) acTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATg < 2:3734414/91‑1 (MQ=255) ttCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGtc < 1:682217/91‑1 (MQ=255) ttCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGtc > 1:852385/1‑91 (MQ=255) tCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGtct < 1:2794054/91‑1 (MQ=255) tCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGtct < 2:627066/91‑1 (MQ=255) tAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGc < 1:1682169/91‑1 (MQ=255) aGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCa > 1:2612984/1‑91 (MQ=255) gATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCAt > 2:518747/1‑91 (MQ=255) aTTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATg < 1:2837052/91‑1 (MQ=255) ttGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCCGCATGc > 2:1299196/1‑91 (MQ=255) ttGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGc < 2:3642304/91‑1 (MQ=255) ttGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGc < 1:432809/91‑1 (MQ=255) | ATATACCCTCTTTATATTTTTAGTGCATTTATCTCGAAATCGAGATACTTTAATGTAAATTTTTAGTGCACGCCTTACACTTCTGTAGATTGTGCACTTAGTTTCTTAAACGCTTGTTGTAAGATTGTTAATTCATCCTTTGTTAACACATCAAACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCT > USA300TCH1516_ALE/2656509‑2656689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |