| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661803 | 153 (0.800) | 13 (0.090) | 10/128 | NT | 8.5% | intergenic (‑196/‑125) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661815 | 157 (1.030) | intergenic (‑208/‑113) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > USA300TCH1516_ALE/2661713‑2661893 | gCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTT > 1:883096‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTa < 1:2366986/91‑1 (MQ=255) cAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTtgtctaaatgata < 1:1045199‑M1/91‑14 (MQ=255) aaaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaa < 2:1809160‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaa < 2:1808995‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa < 1:498556‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa > 1:609712‑M2/1‑88 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 2:1889707‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 2:1141309‑M2/91‑6 (MQ=255) cacaTTAAACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatat > 1:1941938‑M2/1‑85 (MQ=255) cacaTGACACTGGATATAGCATTCACAGGCGAACATAAAGTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatat > 1:3615612‑M2/1‑85 (MQ=255) acaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatata > 2:635299‑M2/1‑84 (MQ=255) acaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatata < 2:3685‑M2/91‑8 (MQ=255) acaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatata < 2:1630832‑M2/91‑8 (MQ=255) 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gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt < 1:3343472/91‑1 (MQ=255) gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt > 2:1806234/1‑91 (MQ=255) gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt > 1:1138687/1‑91 (MQ=255) agGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 2:2444044/1‑91 (MQ=255) agGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 2:1740303/1‑91 (MQ=255) agGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 1:2955810/1‑91 (MQ=255) ggCGAATATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCt > 2:815070/1‑91 (MQ=255) ggCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtata < 2:348625/85‑1 (MQ=255) ggCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCt > 2:1351408/1‑91 (MQ=255) ggCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCt > 2:1266082/1‑91 (MQ=255) ggCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCt > 1:166969/1‑91 (MQ=255) ggCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCt > 1:216930/1‑91 (MQ=255) gCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTCAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAAGATCta > 1:3608297/1‑91 (MQ=255) gAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCtata < 1:1957351/91‑1 (MQ=255) aaCATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATAc < 2:406712/91‑1 (MQ=255) aaCATAAATGTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCCTTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATAc > 2:3308779/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |