New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661803 | 153 (0.800) | 13 (0.090) | 10/128 | NT | 8.5% | intergenic (‑196/‑125) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2661815 | 157 (1.030) | intergenic (‑208/‑113) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCC > USA300TCH1516_ALE/2661725‑2661905 | aaaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaa > 1:921510‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaa < 2:1809160‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa > 2:2286095‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa > 1:609145‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa < 1:498556‑M2/91‑4 (MQ=255) cacaTGACACTGGATATAGCATTCACAGGCGAACATAAAGTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatat > 1:3615612‑M2/1‑85 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |