| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2696548 = | 172 (0.900) | 20 (0.120) | 10/140 | NT | 12.6% | intergenic (+100/‑140) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2696587 = | 128 (0.770) | intergenic (+139/‑101) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A | |||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
AATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCT > USA300TCH1516_ALE/2696459‑2696638 | ctgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaag < 1:1372498‑M1/2‑1 (MQ=255)aaTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTag < 1:1480167/91‑1 (MQ=255) tgtgagtcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttacgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaaga > 2:3138944‑M1/89‑91 (MQ=255) tgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaagaga < 2:727611‑M1/5‑1 (MQ=255) tgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaagaga < 2:3731334‑M1/5‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagaga < 2:2854787/91‑1 (MQ=255) gattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaagagag < 2:2272220‑M1/6‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagagag < 2:3596373/91‑1 (MQ=255) tcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaAGAGAGAtt < 1:2836136‑M1/9‑1 (MQ=255) tCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAGTATTAATTACGACTTCTTTTATGTAGATGCTAAGTAGAGAGAttgt < 2:3475555/91‑1 (MQ=255) cAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGAttgttg > 1:2575160/1‑91 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACTTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTATTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc > 1:3447766/1‑91 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc < 2:2011089/91‑1 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAAAGATTGTTGTGc > 2:3232759/1‑91 (MQ=255) 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accccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGc > 2:627555‑M1/62‑91 (MQ=255) accccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGc > 1:3591429‑M1/62‑91 (MQ=255) cccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACCGCaa > 1:3062191‑M1/60‑91 (MQ=255) aCCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCaa < 1:1183812/91‑1 (MQ=255) aCCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCaa < 1:1327162/91‑1 (MQ=255) ccTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAt > 2:3204268/1‑91 (MQ=255) cTTTCATTCATACATCCTTTCATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtc > 2:2179601/1‑91 (MQ=255) cTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtc > 2:1382735/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |