| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2756955 = | 176 (0.920) | 20 (0.110) | 10/150 | NT | 10.8% | intergenic (‑476/+43) | opuD_3/nrdG | Glycine betaine transporter OpuD/Anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase‑activating protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2756989 = | 167 (0.940) | intergenic (‑510/+9) | opuD_3/nrdG | Glycine betaine transporter OpuD/Anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase‑activating protein | |||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GTATCAAAATGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGATTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2756865‑2757045 | tATCAAAATGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAaag < 1:437817/91‑1 (MQ=255) aaggttctttaaatcaacgcattatagatgtacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAg > 2:200375‑M1/90‑91 (MQ=255) aaggttcgttaaatcaacgcattatagatgtacaacgatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatacatagttagttgaatatgtattAg < 2:3615729‑M1/2‑1 (MQ=255) aTCAAAATGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAaaga < 2:2858921/91‑1 (MQ=255) tCAAAATGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAaagaa < 1:3446094/91‑1 (MQ=255) ggttctttaaatcaacgcattatagatgtacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGaa > 1:1659460‑M1/88‑91 (MQ=255) gttctttaaatcaacgcattatagatgtacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAg > 2:3819004‑M1/87‑91 (MQ=255) aaaaTGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGc < 1:1035935/91‑1 (MQ=255) aaTGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCa > 1:2057300/1‑91 (MQ=255) aTGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCaa > 1:866912/1‑91 (MQ=255) tGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAg > 2:3009685/1‑91 (MQ=255) tGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAg < 2:114955/91‑1 (MQ=255) tGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAg > 1:2128562/1‑91 (MQ=255) aTTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGc > 2:1305528/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCa < 1:3630891/91‑1 (MQ=255) ttGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCa > 2:1706028/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCa > 1:2227104/1‑91 (MQ=255) tGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCaa < 2:1431986/91‑1 (MQ=255) gTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAAc < 1:3545813/91‑1 (MQ=255) gTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAAc < 1:1977220/91‑1 (MQ=255) gTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAAc > 2:1862056/1‑91 (MQ=255) gTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAAc > 2:2936276/1‑91 (MQ=255) ttAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACg < 2:641875/91‑1 (MQ=255) ttAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACg > 1:285192/1‑91 (MQ=255) ttAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACg > 1:3862081/1‑91 (MQ=255) tAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGa < 2:3180643/91‑1 (MQ=255) tCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGt < 2:1987372/91‑1 (MQ=255) tCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGt < 2:3506088/91‑1 (MQ=255) tCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGt < 1:3075008/91‑1 (MQ=255) tCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGt < 1:2913086/91‑1 (MQ=255) attatagatatacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGtt > 1:3723888‑M1/70‑91 (MQ=255) ttatagatgtacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTa > 1:2466270‑M1/69‑91 (MQ=255) atTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTAcc > 2:2142347/1‑91 (MQ=255) gatgtacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTg > 1:3170106‑M1/64‑91 (MQ=255) gatgtacaacaatcactctcgcatgagcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTg > 1:3612970‑M1/64‑91 (MQ=255) tATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTGCCTTGa < 1:3022651/91‑1 (MQ=255) tCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACt > 2:524036/1‑91 (MQ=255) gtacaacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACt > 2:223771‑M1/61‑91 (MQ=255) atatatTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCt < 1:1720707/91‑1 (MQ=255) atatatTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCt < 2:2937916/91‑1 (MQ=255) tatatTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTa < 1:3289312/91‑1 (MQ=255) tatatTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTa > 2:299573/1‑91 (MQ=255) aacaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTa > 1:569721‑M1/57‑91 (MQ=255) atatTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTaa > 1:3679037/1‑91 (MQ=255) acaatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTaa > 2:441284‑M1/56‑91 (MQ=255) atTGTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATa < 1:3008927/91‑1 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTaa < 1:3451572/87‑1 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACa > 1:1440803/1‑91 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACa > 2:1333104/1‑91 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACa > 2:3091128/1‑91 (MQ=255) ttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACata < 1:3186567/91‑1 (MQ=255) ttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACata < 2:794350/91‑1 (MQ=255) tatcAAGAACTGCTTGTATTAACTTTCAATTATGTAAATAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCCACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACatat > 2:2385660/1‑91 (MQ=255) tataAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACatat < 1:34357/91‑1 (MQ=255) tataAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACatat < 2:1803529/91‑1 (MQ=255) tataAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACatat > 2:256217/1‑91 (MQ=255) tataAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACatat > 2:256655/1‑91 (MQ=255) taAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTc > 2:820728/1‑91 (MQ=255) aaGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCAAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaa < 2:2089962/91‑1 (MQ=255) aGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaac > 2:3756011/1‑91 (MQ=255) aTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaa < 1:2066264/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaa < 1:3659824/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaa > 2:3410818/1‑91 (MQ=255) ttGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaac < 1:3254447/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaac < 2:2330492/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaact > 2:2905687/1‑91 (MQ=255) cTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtat < 2:3862081/91‑1 (MQ=255) cTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtat > 1:3174911/1‑91 (MQ=255) cTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtat > 1:777169/1‑91 (MQ=255) cTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtat > 1:2925894/1‑91 (MQ=255) ttttATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtata > 1:2384578/1‑91 (MQ=255) ttttATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtata > 1:1185154/1‑91 (MQ=255) attaACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATAtt > 1:1868/1‑91 (MQ=255) attaACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATAtt > 1:1917/1‑91 (MQ=255) attaACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATAtt < 1:6137/91‑1 (MQ=255) aCTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAAt > 1:1480911/1‑91 (MQ=255) aCTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAAt > 1:937665/1‑91 (MQ=255) cAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAc > 1:2180864/1‑91 (MQ=255) cAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAc > 1:2636393/1‑91 (MQ=255) ttATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAcgcg > 2:896775/1‑91 (MQ=255) ttATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAcgcg < 2:2875555/91‑1 (MQ=255) ttATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAcgcg < 1:3776522/91‑1 (MQ=255) tATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACgcgc < 2:1023410/91‑1 (MQ=255) tGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCAt > 1:3748783/1‑91 (MQ=255) gTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATg < 1:1503421/91‑1 (MQ=255) gTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATg < 1:1504044/91‑1 (MQ=255) acctaacctaAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCg < 1:13566/91‑1 (MQ=255) taacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCgaga < 1:1154715/91‑1 (MQ=255) taacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCgaga < 2:2950550/91‑1 (MQ=255) aacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGagag < 2:873671/91‑1 (MQ=255) acctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGt > 2:3202618/1‑91 (MQ=255) acctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGt < 1:2754936/91‑1 (MQ=255) ctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGa > 2:2415174/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 2:3722692/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 2:1445764/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt < 1:72982/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 1:3825023/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttg > 2:1543870/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttg > 2:504896/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttg > 1:1670618/1‑91 (MQ=255) | GTATCAAAATGATTGTTAGGTCATATTCTATCAATATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGATTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2756865‑2757045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |