New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2756955 = | 176 (0.920) | 20 (0.110) | 10/150 | NT | 10.8% | intergenic (‑476/+43) | opuD_3/nrdG | Glycine betaine transporter OpuD/Anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase‑activating protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2756989 = | 167 (0.940) | intergenic (‑510/+9) | opuD_3/nrdG | Glycine betaine transporter OpuD/Anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase‑activating protein |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TATATTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGATTGTTGTACATCTATAATGCGTTGATTTAAAGAACCTT > USA300TCH1516_ALE/2756899‑2757077 | atatTTTTATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTaa > 1:3679037/1‑91 (MQ=255) aatcactctcgcatgcgcgtatgattgaatatatagttagttgaatatgtattAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATa > 2:889172‑M1/54‑91 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTaa < 1:3451572/87‑1 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTaa > 2:3451572/1‑87 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACa > 1:1440803/1‑91 (MQ=255) ttttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACa > 2:3091128/1‑91 (MQ=255) ttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACata < 1:3186567/91‑1 (MQ=255) ttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACata < 2:794350/91‑1 (MQ=255) ttATAAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACata < 1:2115830/91‑1 (MQ=255) tataAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAATGAATGTTACCTTGACTTATAATAAatat > 2:256549/1‑91 (MQ=255) tataAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACatat < 1:34357/91‑1 (MQ=255) taAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTc < 2:647558/91‑1 (MQ=255) taAAGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTc > 2:820728/1‑91 (MQ=255) aaaaGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTc < 2:2323262/90‑1 (MQ=255) aaGAATTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCAAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaa < 2:2089962/91‑1 (MQ=255) aaTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaacta > 1:2924215/1‑91 (MQ=255) aaTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaacta < 1:396404/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaa < 1:3659824/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaa < 1:3658948/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaac < 2:2330492/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaac < 1:3254447/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCaactaact > 2:2905687/1‑91 (MQ=255) cTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtat > 1:3174314/1‑91 (MQ=255) cTTTTATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtat > 1:777169/1‑91 (MQ=255) ttttATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtata > 1:2384578/1‑91 (MQ=255) ttttATTAACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACtata > 1:1185154/1‑91 (MQ=255) attaACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATAtt < 1:6137/91‑1 (MQ=255) attaACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATAtt > 1:1868/1‑91 (MQ=255) taACTTTCAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCa < 1:201945/91‑1 (MQ=255) cAATTATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAc > 1:2180864/1‑91 (MQ=255) ttATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAcgcg < 2:2875555/91‑1 (MQ=255) ttATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATAcgcg > 2:896775/1‑91 (MQ=255) tATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACgcgc > 2:1393478/1‑91 (MQ=255) tATGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACgcgc < 2:1023410/91‑1 (MQ=255) tGTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCAt > 1:3748833/1‑91 (MQ=255) gTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATg > 1:554584/1‑91 (MQ=255) gTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATg < 1:1503421/91‑1 (MQ=255) gTACCTAACCTAAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATg < 1:1504044/91‑1 (MQ=255) acctaacctaAAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCg < 1:13566/91‑1 (MQ=255) ctaacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCgag > 1:2498273/1‑91 (MQ=255) taacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCgaga < 2:2950550/91‑1 (MQ=255) taacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCgaga < 1:1154715/91‑1 (MQ=255) aacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGagag < 2:3818564/91‑1 (MQ=255) aacctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGagag < 1:1652064/91‑1 (MQ=255) acctaaATAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGt < 1:1942890/91‑1 (MQ=255) acctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGt > 2:3202599/1‑91 (MQ=255) acctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGt < 1:2754936/91‑1 (MQ=255) ctaaAAAGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGa < 2:2180864/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 2:1445199/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt < 2:1319117/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 2:1988610/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 2:3722692/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt < 1:72982/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAtt > 1:3825023/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttg > 1:1670618/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttg > 2:1543870/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttg > 2:504896/1‑91 (MQ=255) ttagaagtcaaggtaacattcgttgccttggcttctAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttgt > 2:441284‑M2/37‑91 (MQ=255) tagaagtcaaggtaacattcgttgccttggcttctAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttgtt > 1:569721‑M2/36‑91 (MQ=255) AGAAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGAttgttg < 1:881871‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCTAATACATATTCAACTAACTATATATTCAATCATACGCGCATGCGAGAGTGATTGTTGTa < 1:2153248‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCCAAGGCAACGAATGTTACCTTGACTTCAAATACATATTCAACTAACTATATATTCAGTCATACGCGCATGCGAGAGTGATTGTTGTAc > 2:490327‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |