| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2829245 = | 179 (0.940) | 19 (0.110) | 11/150 | NT | 10.7% | coding (126/1053 nt) | icaC | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2829269 = | 151 (0.850) | coding (150/1053 nt) | icaC | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein | |||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TGCTATTATATGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGT > USA300TCH1516_ALE/2829155‑2829334 | cgtgtagttaagtatctataggtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatca < 2:972074‑M1/1‑1 (MQ=255) gtgtagttaagtatctataggtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcac > 1:919462‑M1/90‑91 (MQ=255) gtgtagttaagtatctataggtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcac < 1:1602670‑M1/2‑1 (MQ=255) cTATTATATGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACa < 2:186498/91‑1 (MQ=255) cTATTATATGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACa > 1:1437752/1‑91 (MQ=255) tagttaagtatctataggtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAAt > 1:2132346‑M1/87‑91 (MQ=255) attatATGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAAt > 1:1191215/1‑91 (MQ=255) ttatATGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAAtt > 2:3301626/1‑91 (MQ=255) tatGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTa < 1:1735986/91‑1 (MQ=255) atGTGCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAc > 2:1513140/1‑91 (MQ=255) aagtatctataggtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAc > 1:3745113‑M1/82‑91 (MQ=255) tgtgCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑a > 1:311545/1‑91 (MQ=255) tgCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑Att < 1:2575874/91‑1 (MQ=255) gCAATTATTATTATCACACATTTACTTACACACATTACTTTAAAACCTGCAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTc > 2:665095/1‑91 (MQ=255) tataggtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTa > 1:2140785‑M1/75‑91 (MQ=255) ttattattaTCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTaa > 2:1810329/1‑91 (MQ=255) ttattattaTCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTaa > 1:1028745/1‑91 (MQ=255) ttattatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAatat > 2:2030948/1‑91 (MQ=255) ttattatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAatat > 1:2503439/1‑91 (MQ=255) ttattatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAatat < 1:518081/91‑1 (MQ=255) tattatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATAtt < 2:2260497/91‑1 (MQ=255) tattatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATAtt > 1:841354/1‑91 (MQ=255) gtgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTAATAtt > 1:2447992‑M1/70‑91 (MQ=255) tgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtg > 2:332629‑M1/69‑91 (MQ=255) tgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtg > 2:489445‑M1/69‑91 (MQ=255) tgactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtg > 1:3229382‑M1/69‑91 (MQ=255) attatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTCCAATTTTAC‑ATTCGTAATATtg > 2:3123947/1‑91 (MQ=255) attatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtg > 1:205269/1‑91 (MQ=255) attatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtg > 1:1533209/1‑91 (MQ=255) ttatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtgt < 2:3723771/91‑1 (MQ=255) ttatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtgt > 2:1367580/1‑91 (MQ=255) ttatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtgt > 1:3723771/1‑91 (MQ=255) gactttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaagttgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtgt > 1:3280431‑M1/68‑91 (MQ=255) tatCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtgtg > 2:3669966/1‑91 (MQ=255) actttttggtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATTTTAC‑ATTCGTAATATtgtg > 1:504651‑M1/67‑91 (MQ=255) atCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTTGTAATATTGTGa < 1:2990716/91‑1 (MQ=255) atCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGa > 1:3772476/1‑91 (MQ=255) cacacaTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGAtt > 2:1784157/1‑91 (MQ=255) acacaTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGAttt < 1:2887090/91‑1 (MQ=255) caTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTg < 2:3423594/91‑1 (MQ=255) caTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTg < 2:3423246/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGGGATTTTTgg < 1:1949333/91‑1 (MQ=255) ttacttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTa < 2:746255/91‑1 (MQ=255) cttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTacac > 2:3564640/1‑91 (MQ=255) cttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTacac > 2:176906/1‑91 (MQ=255) ttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACAcc < 2:1744517/91‑1 (MQ=255) ttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACAcc > 1:2578707/1‑91 (MQ=255) ttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACAcc > 1:3303059/1‑91 (MQ=255) tacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTCC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCt > 2:3762466/1‑91 (MQ=255) tacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCt > 1:220877/1‑91 (MQ=255) acacAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCtt < 2:2566396/91‑1 (MQ=255) aTTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTtta < 2:234233/91‑1 (MQ=255) ttACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttat < 1:3845817/91‑1 (MQ=255) ttACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttat < 2:1309415/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttatt < 1:729865/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttatt < 2:718296/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAG‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTtattat < 1:3362842/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTtattat > 2:2289735/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTtattat > 2:3030084/1‑91 (MQ=255) tttAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ACTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATc < 1:582942/91‑1 (MQ=255) tAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCtt > 2:958595/1‑91 (MQ=255) tAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCtt > 1:1043829/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |