| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2829245 = | 179 (0.940) | 19 (0.110) | 11/150 | NT | 10.7% | coding (126/1053 nt) | icaC | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2829269 = | 151 (0.850) | coding (150/1053 nt) | icaC | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein | |||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTACACGC > USA300TCH1516_ALE/2829179‑2829359 | atCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGa > 1:3772476/1‑91 (MQ=255) cacacaTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGAtt > 2:1784157/1‑91 (MQ=255) cacacaTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGAtt < 1:2775264/91‑1 (MQ=255) cacaTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGAtttt < 2:103605/91‑1 (MQ=255) caTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTg < 2:3423594/91‑1 (MQ=255) caTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTg > 1:593441/1‑91 (MQ=255) caTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTg < 2:3423246/91‑1 (MQ=255) caTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTg > 1:2763956/1‑91 (MQ=255) aTTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGGGATTTTTgg < 1:1949333/91‑1 (MQ=255) gtaattcaaggttgtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcacaattttacattcgtaatattgtGATTTTTgg < 1:2808159‑M2/9‑1 (MQ=255) ttacttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTa < 2:746255/91‑1 (MQ=255) ttacttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTa > 1:3348480/1‑91 (MQ=255) tacttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTac > 2:2780051/1‑91 (MQ=255) cttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTacac > 2:3564640/1‑91 (MQ=255) cttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTacac > 1:1144178/1‑91 (MQ=255) cttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTacac > 2:176906/1‑91 (MQ=255) ttacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACAcc < 2:1744517/91‑1 (MQ=255) tgtcacaAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACAcc > 1:461996/4‑91 (MQ=255) tacACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCt > 2:3762448/1‑91 (MQ=255) gtcacaAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCt < 2:461996/89‑1 (MQ=255) acacAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCtt < 2:2566396/91‑1 (MQ=255) gtcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcacaatattacgaatgtaaaattgtGATTTTTGGTACACCTTGCttt > 1:1037692‑M2/70‑91 (MQ=255) aTTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTtta < 2:234233/91‑1 (MQ=255) aTTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTtta < 2:3627244/91‑1 (MQ=255) ttACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttat < 1:3845817/91‑1 (MQ=255) tcagtaactgtgacaagataataaagcaaggtgtaccaaaaatcacaatattacgaatgtaaaattgtGATTTTTGGTACACCTTGCTtta > 1:148829‑M2/69‑91 (MQ=255) tACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttatt < 1:729865/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTttatt < 2:718296/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTtattat > 2:2289735/1‑91 (MQ=255) tAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCtt > 2:958595/1‑91 (MQ=255) aaaCATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGt < 1:45155/91‑1 (MQ=255) aaCATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTc > 2:964909/1‑91 (MQ=255) aaCATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGATACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTc < 1:3302621/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTca < 2:1350381/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTcaca < 2:3632269/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTcaca > 2:2731115/1‑91 (MQ=255) tGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAATGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGCTTTTTGGTACACTTTGCTTTATTATCTTGTCACAg > 1:2513933/1‑91 (MQ=255) gAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGt > 1:1628465/1‑91 (MQ=255) aaaaTATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGtt < 1:2682606/91‑1 (MQ=255) gataataaagcaaggtgtaccaaaaatcacaattttacattcgtaatattgtGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGtt > 2:148829‑M2/53‑91 (MQ=255) aaTATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTAc < 1:3718445/91‑1 (MQ=255) atatGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACt > 1:539684/1‑91 (MQ=255) atatGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACt < 2:1574177/91‑1 (MQ=255) tatGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTg < 1:2343775/91‑1 (MQ=255) ataaagcaaggtgtaccaaaaatcACAATATTAC‑GAATGTAAAATTGTGATTTTTCGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTg < 2:2878229‑M1/67‑1 (MQ=255) atGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGa < 1:918401/91‑1 (MQ=255) tGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGAc > 1:1054497/1‑91 (MQ=255) ggAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACa > 2:2269479/1‑91 (MQ=255) gAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACaa > 1:2486960/1‑91 (MQ=255) gggTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAAcc > 1:2016502/1‑91 (MQ=255) gggTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAAcc > 2:3018222/1‑91 (MQ=255) gggTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAAcc < 2:646210/91‑1 (MQ=255) gggTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAAcc < 1:913352/91‑1 (MQ=255) gggTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGAGTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAAcc > 2:1639592/1‑91 (MQ=255) gTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCtt < 1:1004284/91‑1 (MQ=255) ggATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGa < 1:200467/91‑1 (MQ=255) aTCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCCCAGTTACTGACAACATTGagt < 2:593441/91‑3 (MQ=255) aTCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAAt < 2:1704425/91‑1 (MQ=255) tCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTg > 2:1884410/1‑87 (MQ=255) ccTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTa > 2:3123829/1‑91 (MQ=255) ccTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTa > 2:1752311/1‑91 (MQ=255) ttAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTAcc < 1:2089492/91‑1 (MQ=255) ttAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTAcc < 1:1087513/91‑1 (MQ=255) ttAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTAcc > 1:2867915/1‑91 (MQ=255) tAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCa < 1:1053188/91‑1 (MQ=255) tAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCa < 2:3288021/91‑1 (MQ=255) aaaaatcACAATATTACGAAT‑GTAAAATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCa < 2:527783‑M1/84‑1 (MQ=255) gtgtTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCaaa > 2:279669/1‑91 (MQ=255) gtgtTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCaaa > 1:3626616/1‑91 (MQ=255) tACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGt < 2:1485821/91‑1 (MQ=255) 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attgtGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTa > 1:2132346‑M2/6‑91 (MQ=255) ttgtGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTac > 1:255660‑M2/5‑91 (MQ=255) tgtGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTaca > 1:972074‑M2/4‑91 (MQ=255) gtGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTacac < 1:1602670‑M2/89‑1 (MQ=255) gtGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTacac < 1:2440166‑M2/89‑1 (MQ=255) gATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTACAcgc < 2:2669184/91‑1 (MQ=255) | TATCACACATTTACTTACACAAATTACTTTAAAACATGAAAATATGGAGGGTGGATCCTTAGTGTTACAATTTTAC‑ATTCGTAATATTGTGATTTTTGGTACACCTTGCTTTATTATCTTGTCACAGTTACTGACAACCTTGAATTACCAAAAAGTCACCTATAGATACTTAACTACACGC > USA300TCH1516_ALE/2829179‑2829359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |